「黒い繭」の試験を受けることになった、少女時代のバーディー。だが試験開始後、何者かのハッキングによるプログラムの修整が判明し、彼女は予想外の過酷な状況に陥る。メギウスたちが修整内容を解析した結果、それは強靱な肉体を誇るアルタ人のバーディーでも、死の危険がきわめて高い課題となっていて…
氷川に拉致さたつとむの姉・はづみを含む被害者たちの行方を追って、「氷川ケミストリー」に乗り込んだバーディー。そこで氷川の手下である獣人3人の襲撃を受けるが、バーディーは戦闘力で劣る彼らを難なく押さえつけ、はづみたちの居場所を聞き出そうとする。一向に口を割らない彼らに対し、バーディーは拷問のため1人の腕をへし折るが、なんとその腕が即座に回復してしまい…
昏睡状態から意識を取り戻したつとむ。姉・はづみを助けに水俣病院に行ったはずが、目覚めた場所は浄火学館の道場だった。バーディーとの連絡もつかず困惑しているところに室戸が現れ、はづみが“教母”に手当てを受けていることを知らされる。だが実はこの教母、レビの変装した姿で…
氷川ケミストリィでされた姉・はづみの容態もひとまず落ち着き、つとむは夏休みの課題に追われていた。だが一方では、徹底した捜査にも関わらず、依然として氷川は行方不明。氷川ケミストリィに強制捜査が入り屋敷ごと焼却されるも、当の本人は、人目に付かない地下室で不適な笑みを浮かべていた…
ビースト皆殺しの手伝いをしてほしいというゴメスの提案について、考え込んでいたつとむ。提案に乗り気なつとむに対し、彼の身の危険を案ずるバーディーは反論するが、結局はバーディーの姿でゴメスのもとへ行く。そして「あなたの正体を知りたい」というバーディーの条件をゴメスが了解し、両者は手を組むことに…！
人と接触すると防壁が一時的に破れるという生体防壁の弱点を氷川に知られてしまったバーディー。今まで忘れていたこの弱点についての講義を思い出している最中、防壁破りの手を利用してきた氷川によって傷を負わされる。その後、人のいない屋上へ氷川を導き出したバーディーは反撃を開始するが…
室戸に誘われて雪山を訪れたつとむは、有田家で鬼伝説の詳細を聞いていた。その話の流れで、鬼の心臓と言われる有田家伝来の宝珠を見せてもらうことに。だが、箱を開けると、そこにあったのは一枚の紙切れだけで…。一方、同じく伝説を追うテレビ取材クルーは、洞窟で鬼の木乃伊を発見！そして、有田家から無断で持ち出した宝珠を鬼の心臓にはめこむと…
復活した木乃伊の暴走は止まらず、露天風呂に入っている早宮らにすぐに避難するよう言い聞かせたつとむは、木乃伊と戦うべく本館へ。一方、避難しかけた早宮は、つとむがいないことに気づき、男湯の方へと引き返した。すると突然、目の前の木戸を切り破って木乃伊が現れ…
冬休み最終日。つとむは宿題を片づけるため図書館に行ったものの集中できず、須藤の家で手分けしてやることに。そして夜遅くに帰宅する途中、街灯の切れた暗い道端で後ろから「千川つとむか？」と声をかけられる。さらにその相手は、つとむと確認するや攻撃してきたため、急いでバーディーと交代するが…！？
クレドの軽率な行動により、宇宙船“オプラ・ガルテ”に拉致されたつとむと夏美たち。二心同体の秘密がバレないようやり過ごしたかったが、外交部の陰謀を疑った軍人のクレドへの強引な尋問と、夏美や須藤への不当な扱いについにつとむが激怒！2人の前でバーディーに変身して闘うことを決意して…
