エジプトとの一大決戦の幕が切って落とされた。戦いがヒッタイト優勢で進んでいくなか、一対一で男の決着をつけようとしたカイルとラムセスは…！？
みごと高校入試に合格した夕梨（ゆうり）は、ずっと好きだった氷室君とファーストキスまでして、嬉しいことばかり。でもそんなある日、彼女の目の前でコップの中の水が勝手にわきあがるという奇妙な出来事が！！さらに、水槽の中から手が出てきたり風呂の中に引き込まれそうになったりと、おかしな事は続く。初めは錯覚だと思っていたのだが、しだいに怖くなっていく夕梨。そしてある日、氷室君とのデートの途中で、夕梨は水たまりから出てきた手に捕まって、水の中に消えてしまう。やっとの思いで水から逃れた夕梨だが、辺りにはさっきまでとは全く別の風景が広がっていた。なんとそこは古代ヒッタイト帝国で…！？
20世紀の世界に戻るために必要な夕梨の服を取り戻すため、夕梨は使用人のティトを連れて皇妃の宮に忍び込む。しかし、そこには皇妃のワナが！なんとか服を取り返した夕梨だが、ティトは夕梨を逃がすために捕らえられてしまう。ティトを帰してもらおうとする夕梨。けれど、ナキア皇妃はタワナアンナ（帝国第1の女性の称号）の権威をたてに相手にしてくれない。そして翌日、城の外にティトの死体が。悲しみにくれる夕梨だが、そんな暇もなく夕梨を20世紀の世界に帰す儀式が始まる。この機会を逃すと、あと1年は待たなければならないというのだ。嬉しいはずの夕梨だが、ティトのことを思うと素直に喜べなくて…。
ナキア皇妃によって地下道にとらわれていた夕梨は、なんとか追手から逃げきり地上へ脱出することに成功。しかし、そこにタロスという老人が現れる。彼はなんとティトの父親だった。夕梨のせいでティトを殺されたと信じている彼は、夕梨を助けるどころか逆に追手と戦うことを強要する。しかたなく戦うことを決意した夕梨は、数ある中からみずぼらしい1本の剣をとる。実はその剣は、ティトの一族に伝わる宝剣だった。迷わずその剣を選んだ夕梨の中に、彼は戦いの神・イシュタルの姿を見る。そこへ、ティトを殺した張本人・ズワが現れる。宝剣を手にした夕梨は、ティトの仇を討つべくズワにむかっていくのだが…！？
キッズワトナの街はミタンニ軍の急襲によって火の海と化した。夕梨はザナンザを残し、カイルの待つヒッタイト軍を呼びに夜通し馬を走らせる。知らせを聞いたカイルは、ザナンザを助けるため兵を率いて一路キッズワトナへ。間一髪でザナンザを助けることができたカイルだが、ミタンニ随一の名将・血の黒太子と直接対決することになった。兵力で劣るヒッタイト軍だが、カイルとザナンザの巧みな作戦もあって勝負は互角。夕梨も自ら剣をとり、戦いに参加する。しかしキッズワトナ軍がミタンミ側に寝返ったことで、状況は一気に不利に。だがカイルが退却命令を出そうとした時、キッズワトナ市民が暴動を起こして…！？
ミタンニ軍が駐留する都市国家・マラティア。ザナンザが黒太子をおびき出している間に、カイルと夕梨は少ない兵を引き連れてマラティア入りした。敵を油断させるため、わざとふざけた態度をとるカイルに、城の太守たちもあきれ顔。作戦通りすっかり手薄になった警備をかいくぐり、夕梨たちは城内を詮索。街や城の地図とともに、秘宝”竜の眼”を捜す。一方、マラティア軍はカイル達のことを知らせるために黒太子に伝令を送るが、カイルの部下が待ち伏せして、伝令を止めることになっていた。しかし、カイルの部下たちは何者かによって殺されてしまう。伝令は黒太子のところへ届いてしまい、計画は崩れ始めて…！？
激しい戦いの末、マラティアを陥落させたヒッタイトのカイル皇子。だがミタンニ軍が撤退する混乱の中で捕らえられた夕梨は、ミタンニ軍の黒太子のもとへ運ばれ側室にさせられてしまう。カイルに迷惑をかけないようにと、夕梨は自分の力でミタンニを脱出することを決意。下準備のため城の中を詮索する夕梨は、黒太子の第1の側室・ナディアに出会う。ナディアは、夕梨の命を狙うナキア皇妃の妹。皇妃の側近・ウルヒにそそのかされたナディアは、カイルの名を使って夕梨を”青鹿の間”へ誘い出す。封印されたその部屋に入ろうとした者は全て黒太子に殺されているのだ。だが夕梨は疑いもせず部屋へ入ってしまい…！？
ヒッタイトとミタンニの戦争も最終局面へ突入。一度は戦いに破れた黒太子だが、夕梨を人質にとって篭城作戦をとる。強固な守りを破るために、カイルは女官に変装して城にしのびこむことに成功。予想外に警備の薄い城内にとまどいつつも、夕梨のもとへと急ぐ。その頃城の中では、殺りくや飢餓に耐えられなくなったミタンニ兵たちが、クーデターを起こしていた。彼らは国王を殺し、さらに黒太子の命も奪おうとする。なんとか逃げ出した黒太子は、側室のナディアを連れてバビロニアへ脱出。夕梨も城を抜け出して、カイル皇子のもとへ。久しぶりの再会を喜ぶ2人だが、夕梨を20世紀へ還す儀式の日がせまっていて…！？
婚礼のためエジプトに向かうヒッタイトのザナンザを、国境まで見送りに行く夕梨。だが、ヒッタイトとエジプトの友好を望まないナキア皇妃は、2人に刺客を放っていた。ザナンザは殺され、夕梨も大ケガを負う。必死の思いでヒッタイトのカイルのもとへ帰ろうとする夕梨。そこへ、1人のエジプト兵が現れて…。その頃、ヒッタイトにはザナンザと夕梨が死亡したという悲報が届く。エジプトの仕業だと思い込んだ国王は戦争の準備を始めてしまう。一方エジプト側も、言いがかりをつけられて憤慨。両国軍は、国境をはさんでにらみあった。話し合いも平行線をたどるだけ。そしてついに、戦闘開始の合図が響きわたり…！？
ヒッタイトの皇太子継承争いのさなか、カタパの街に夕梨の偽者が現れた。イシュタル（戦いの女神）の名のもとに傍若無人に振る舞う彼女のせいで、日に日に民衆の不満は高まっていく。このままでは皇太子候補のカイルの立場が危うくなると考えた夕梨は、1人でカタパに乗り込む。しかし、誰も夕梨が本物のイシュタルだとは信じない。それどころかイシュタルを侮辱したとして捕らえられ、街外れの”谷”へ放り込まれてしまう。そこは、恐ろしい伝染病・七日熱にかかった患者の収容所だった。この事件も、やはりナキア皇太后のしわざ。夕梨を病死させようという企みだったのだが、不思議なことに夕梨は発病せず…。
ヒッタイト帝国の正式な皇太子にカイルが選ばれ、継承問題は解決したかにみえた。だが、ナキア皇太后は新たな陰謀を企てていた。ある日、元老院の議長の娘・ギュゼル姫が1人の子供を連れてやってくる。なんとそれはカイルの子だというのだ。本当だとすれば、息子・ジュダを帝位につけるというナキア皇太后の望みは遠くなるはず。陰謀の目的がつかめず不安な夕梨だが、そんな時、皇太后が密かに外国から毒薬を手に入れたことを知る。カイルが子供の問題で手間取っている間に皇太后は皇帝を暗殺し、罪をすべてカイルに着せようとしているのだ。なんとかして計画を阻止しようと、夕梨は単身、王宮へ急ぐのだが…！？
