遥に別れを告げ、後悔している村上は一人妄想の世界に走ってしまう。村上は、函館向陽高校学園祭最後のイベント、函館山の頂への仮装行列に行く遥を見つめていた。そこで再び、果てしない妄想の世界に陥ってしまう。遥と別れ、一人寂しく妄想の世界に入っている村上を、悪友・佐野が叱咤激励する。佐野に、サッカーをしている頃の気迫がある顔つきに戻っていると言われた村上は、遥への想いを再確認するのだった…。
秀才・村上直樹は、東京大学を目指して猛勉強の日々を過ごしていた。ある日、悪友の佐野に連れられ、テニスの試合を見に行くが、そこで試合にでていた、同学年の水野遥に一目惚れしてしまう。遥に一目惚れしてから一週間。村上は毎朝、遥を待ち伏せすることに。ある日、遥に挨拶をされ、狼狽した村上が返した言葉は、「オレと、つきあってください」だった！突然の告白に、遥は…？偏差値81のラブコメディ！！
村上が遥と付き合い始めて数日がたった。遥から手作りのお弁当をもらうなど、幸せいっぱいの村上だったが、そんな村上のもとにずっと学校を休んでいた悪友・佐野から突然電話がかかってくる。電話での佐野のただならぬ様子を感じとった村上は、翌日、遥とともに佐野の家へ向かう。佐野は足を骨折し、憔悴しきって、自宅で一人寝ていたのだった。そんな佐野を遥と村上は励ますが……！？
頭から遥のことが離れなくなった村上。とうとうあらぬ妄想まで繰り広げるようにまでなった。頭の中が遥一色になった村上は、このままでは東大に合格できない！と焦り始めてしまう。一方、東大を目指すことを決心した遥は順調に勉強を続けていた。ある日村上は、遥と一緒に図書館で勉強するため、学校近くで遥を待ち焦がれていた。しかし、遥は、学園祭の打ち合わせがあるため、図書館での勉強をキャンセルしたいと言い出して…。
風邪をひいてしまった村上は、遥の言いつけで、学校の保健室で眠っていた。村上に想いをよせる英里は、休み時間に保健室へと向かい、村上と2人きりになってしまう…。英里を遥と間違えてしまった村上は…！？クリスマス・イブの日、遥は英里から村上へのプレゼントを渡して欲しいと頼まれてしまう。自分で渡した方がいいと言う遥に、英里は「村上君とは逢わないことにした」と答えるが…。
いよいよ受験シーズン到来。英里は、東京で私立大学の入試を受けていた。しかし、次々に不合格になってしまい、ショックのあまり村上に泣きついてしまう。そんな英里を村上は優しく抱き寄せた。東大試験の前日、遥が上京。一足先に上京している村上と浜松町で待ち合わせをしていた。しかし、待てど暮らせど村上はやってこない。当の村上は、不合格続きでショック状態にある英里を必死に励ましていたのだった。
入学式で出会った池之幡由貴と遥は、キャンパスの人気者になっていた。しかし、由貴は自分より男に人気のある遥を快く思っていなかった。早稲田大学で仮面浪人をしている村上は、慶應大学に合格した英里から、謝罪の手紙を受け取った。充実した大学生活を送っている遥、サッカーに熱中している佐野、劇団に入り夢を追っている朝倉を見た村上は、自分が取り残されているような寂しさを感じていた。
遥は、「大学をおもしろくする会」を作り、そのメンバーと箱根に来ていた。遥を追って箱根まで自転車でやってきた村上は、そのまま倒れてしまった。しかし、このまま無残な姿を東大生に見せたくはないというプライドが村上を立ち上がらせ、おもしろ会のメンバーに卓球勝負を挑む。全国模試でトップだったという自信満々かつ理論的な武田にプライドを傷つけられた村上は、動揺し、次々と点をとられてしまう。
遥の部屋で、ついに遥と二人きりになれた村上。各々が感じていることを包み隠さず話し、大いに盛り上がる二人だった。お互い話をしているうちに、話題が受験前日の英里との一件になった。自分も自由に生きていきたいから好きな人を縛る権利はないと、嫉妬もしない遥に、村上は戸惑いを覚える。せっかく盛り上がった雰囲気は徐々に壊れはじめ、村上は遥の部屋から逃げ出してしまう。そして、村上から連絡がこなくなった遥は……。
冬休み、村上は真紀と函館に里帰りしていた。高校時代、遥とキスをした函館山の頂で、真紀と気持ちを確かめあったが、ここでは真紀とキスができない。そんな村上を見て、遥のことがまだふっきれていないと思った真紀がとった行動は…。大学入試センター試験の翌日、遥は村上の合格祈願に神社に来ていた。そこで、英里と偶然再開し、村上に振られたことを告げる。一方、村上は、アパートで真紀と試験の自己採点をしていた。
