『箱船に乗れるのはひとりだけ……』 平凡な高校生活を送っていた谷内勇次。ある日、幼なじみである影山美保の兄・秀一が、陸上大会で驚異的なタイムを出した後、全身を破裂させた。その後、次々と怪物に襲われる勇次は、己が絶滅動物の遺伝子を組み込まれたX－GENE（イクスジーン）であることを知る。生き残れるイクスジーンはたったのひとり………………・・最強の遺伝子を決める戦いが今、幕を開ける！
体内に絶滅動物の遺伝子を植え付けられし者…それがX－GENE（イクスジーン）。最強の遺伝子を決めるサバイバルゲームに、否応なく巻き込まれた谷内勇次を、3人組のイクスジーンが“狩り”にやってきた。幼なじみの影山美保を守るため、立ちはだかる勇次だが、その戦いは次なる死闘への序章でしかなかった……イクスジーン計画を進める組織 「NOA」 とは？勇次に接触する組織 「サードウェイ」 とは？謎と恐怖が加速し、物語は新たなるステージへと突入する！！
体内に絶滅動物の遺伝子を組み込まれ、最後のひとりになるまで殺し合う…X－GENE（イクスジーン）のサバイバルゲームに、否応なく巻き込まれた谷内勇次。ゲームからの脱退を目論むサードウェイのメンバーと共感した勇次は、イクスジーン計画を進める組織・NOAの牙城へ突入する。そこで彼らが目撃した、黒幕の正体とは？捕らわれた美保の安否は？物語は今、衝撃のクライマックスへ！！
