さらわれた千鳥を救うため、研究所に潜入した雄飛と十夜だったが、千鳥と十夜は凶弾に倒れてしまう。そして、妖のお腹には十夜の子供がいることが判明する。十夜の訃報をきいた妖は、涙をふいて立ち上がったが…。
16歳の誕生日を迎えた御景妖（みかげあや）は、双子の兄・明とともに御景家の本家へいきなり連れていかれる。親戚一同が集まる中、2人の前に置かれた小さな箱。開けてみると、中には切り取られた手のような物が。それを見た瞬間、妖の体は怪しい光を発し、箱を粉々にしてしまう。一方、明は妖の隣で体中から血をふきだして倒れてしまう。だが、周りの大人達は明を助けるどころか「死ぬのはお前だ」と言って妖を殺そうとする！！逃げようとする妖は雄飛（ゆうひ）という少年に助けられ、彼のところへかくまってもらうことになった。そこで妖は、雄飛の姉・納涼（すずみ）から自分が「天女」の血を引く者だと聞かされ…！？
御景家に災いをもたらす「天女」として、親戚一同から命を狙われる妖。母親にまで殺されそうになった時、妖の中から「セレス」と名乗る天女が現れた。御景一族を滅ぼし、羽衣を取り戻すというセレスの前に、御景家に雇われている謎の男・十夜（とおや）が現れる。十夜を殺そうとするセレスをなんとか止めようとする雄飛。雄飛がセレスにキスをしたとたん、セレスは妖の人格を取り戻した。セレスになった時の事を何も覚えていない妖は、自分が母親を殺そうとしたと聞いて大ショック。一方、事件以来ずっと、御景の本家にとらわれている明。何も知らされないことに不安を覚え、家を抜け出して妖のもとへ向かうのだが！？
世界中にいる”Cゲノマー”（天女の力を持つ者）を集め、その力を使って権力を手にする「C計画」を企む御景家。ある日妖の同級生・浦川が倒れてしまい保健室に運ばれる。だが、そばについていた先生が突然炎に包まれた！警察は人体発火事件として処理してしまうが、その後、再び浦川のそばで発火事件が起こる。みんなに責められる浦川をかばった妖は、少しずつ彼女と話すようになる。昔から友達に裏切られてきて、友達を作ろうとしなかった浦川。秘密で付き合っている羽山先生がいれば大丈夫だと言う浦川だが、実は羽山は御景家の手先だった。彼は、”Cゲノマー”である浦川を操り、妖を殺そうとするがのだが…！？
「C計画」の標的になり御景家にさらわれた納涼。妖は初めて自分の意志でセレスになり、納涼を救い出すことに成功。自分の周りの人が次々と巻き込まれることに耐えられなくなった妖は、セレスの力を借りてでもC計画を食い止めることを心に誓う。そんな時、栃木県で謎の病原菌が発見された。ラジオでそのニュースを聞いていた雄飛の元へ突然見知らぬ小学生・千鳥が訪ねてくる。雄飛がセレスと空を飛んでいるのを見たという彼女は、謎の病気で苦しむ弟の願いをかなえてくれというのだ。ひょっとして御景家の新たな計画かもしれないとにらんだ妖たちだが、病院へ着いてみると、そこには医者になりすました十夜がいて…！？
新たな天女・千鳥が仲間に加わり、妖たちは一時の休息を味わっていた。その夜、妖のもとに、突然十夜からの電話が…。十夜は自分の過去よりも妖を選び、明を連れて御影ビルを出るという。妖と会うことを約束し、闘いを始める十夜だったが…。
天女を妻にした、始祖の人格に支配された明。彼に会った妖はショックを受けるが、始祖に中で眠っている明に希望を見つける。そして、テレビで天女の羽衣を持つというアイドル・珠呂（しゅろ）のことを知った妖は、羽衣を見せてもらうため珠呂に会いに行く。
天女のミイラから創られた薬が全国にまかれ、天女の力を覚醒できない天女の子孫たちは死んでいった。妖はその薬が自分の血から創られたのではないかと思い、十夜のもとにたずねにいく。そこに明が放った新たな刺客がやってきて…。
十夜の失った記憶の手がかりが、静岡の三保の松原にありそうだと知った妖。しかし、記憶を取り戻すと、記憶を失っていたときの記憶は全部忘れてしまうという。心配しながらも「羽衣伝説」のある松原へ向かう妖だったが…。
セレスと十夜の戦いの場に現れた美緒里も、天女の血を引く者だった。変化した美緒里は、セレスから妖を呼び出そうとして激しい攻撃を加える。一方、十夜は各臣（かがみ）に奪われてしまった妖の記憶を必死に呼び起こそうと苦しんで…。
羽衣を求め、丹後の高校に転入した妖と雄飛（ゆうひ）。しかし、その学校に始祖である妖の兄・明も転入してきた。明は妖の側にいる雄飛の腕を折り、妖に自分に従うように強要。これ以上雄飛を傷つけたくない妖は…。
