天女のミイラから創られた薬が全国にまかれ、天女の力を覚醒できない天女の子孫たちは死んでいった。妖はその薬が自分の血から創られたのではないかと思い、十夜のもとにたずねにいく。そこに明が放った新たな刺客がやってきて…。
明と各臣は科学によって妖の記憶を奪おうとする。しかし、麻酔で眠らされた妖は意識の中で激しく抵抗し、ついには装置を破壊してしまう。一方、十夜は妖の救出に成功するが、麻酔が切れる時間になっても妖の記憶は戻らない…。
各臣たちの研究所から妖を救出し、妖と出会っていた自分の過去の記憶を取り戻していく十夜。しかし、各臣の「天女の羽衣」の研究が新たな動きを見せはじめる。妖たちと離れて暮らしている千鳥の前に現れた始祖・明の狙いとは…！？
さらわれた千鳥を救うため、研究所に潜入した雄飛と十夜だったが、千鳥と十夜は凶弾に倒れてしまう。そして、妖のお腹には十夜の子供がいることが判明する。十夜の訃報をきいた妖は、涙をふいて立ち上がったが…。
十夜の子供を宿した妖は各臣のもとに乗り込むが、逆に捕らわれの身となってしまう。そして、各臣は「羽衣」の再生に成功し、妖を連れて洋上への脱出を図る。そのとき妖たちの前に現れたのは…！？天空お伽草子完結巻！
