1860年（安政7年）3月3日、江戸城・桜田門外。時の大老・井伊直弼は、登城してきたところを水戸藩から脱藩した18名の浪士に襲われ殺害された。後に「桜田門外ノ変」として歴史に残るこの事件の裏に、ひとりの美しい少女の姿があった。少女の刃は混乱の中、井伊の命を一瞬で奪い…。
あずみを狙う幕府の重臣たちは、囮（おとり）とするために駿介を捕らえた。為す術のないあずみは、京を離れることで事態の解決を図るが江戸では、家族同様の向家（むかいけ）の人々が……自分のために、大切な人たちが苦しい目にあう。自責の念に捕らわれるあずみは、精神的に異常をきたし……最大の危機が訪れる！！
たとえ正体がばれようとも、捕らえられた駿介の救出を決意するあずみ。そして……もう一つの決意を迫られる事が起きる。それが…坂本竜馬への恋。刺客として、武器にも弱点にもなる「女である」ということに直面するあずみ。叶わぬ恋と知りながら、想いを封じることができないあずみは、勇気をもって竜馬に告白し、一度だけ抱いて欲しいと願う。そして……
長征軍参謀・篠田源太郎の暗殺に成功したあずみだが、待ち伏せしていた服部半蔵らの銃撃を受け、足を撃たれてしまった。竹細工職人の茂吉に匿われることになるが、この男、女のことしか頭にない。…………執拗な追っ手に、あずみは逃げ切れるのか！？
人を殺めることを生業とし、明日をも知れぬ世界を生きるあずみ。双子ながら、平和な御家人の家庭で、全く違う育てられ方をした駿介……これまで隠し通してきたあずみの正体が、ついに駿介にばれてしまう。血に塗（まみ）れたあずみの顔を見て、駿介は何を思う。激動の幕末の中で、二人の道はそれぞれどこに向かっていくのか……？
服部半蔵の父に追われるあずみは、どこに隠れても執拗に狙われる――。一方駿介は、竜馬とともに志士として活動し始め、新撰組隊士で幼馴染の圭次郎に命を狙われることになる。その圭次郎が恋をした相手が、駿介も思いを寄せる「はな」であった。明日をも知れぬ命の二人に、同時に愛された半玉の「はな」は――？
復讐に燃え執拗に狙う服部半蔵に、匿われてた寺も急襲されてしまったあずみ。さらに身を隠すが、半蔵に教育された少年の自爆攻撃にあってしまう。怪我をしたあずみは、駿介の元に身を寄せる一方、竜馬の手助けをしたことにより、倒幕派として追われる駿介に対し、新撰組の幼馴染、圭次郎は駿介を斬る決意を固め…刺客として生きるあずみ。理想のために活動する駿介。ともにその身を狙われる中で、幕末の乱世を生き抜けるか！？
その執念により、何度となくあずみに攻撃をしかけてきていた服部半蔵と、直接対決の末、ついに仕留めたあずみ。だがそのあずみの前に、出羽守に差し向けられていた刺客、壮太が現れる。二刀流で能力も優れる壮太の前に、あずみは初めて痛恨の敗北を喫し、敗走することとなった。一方その頃、恋した相手、舞妓のはなを喪った駿介と圭次郎は、はなの墓の前で、出会ってしまう。互いに敵同士となってしまった二人は…！？
岩倉具視と大久保利通から竜馬暗殺の脅迫を受け、苦悶するあずみ。一方あずみを剣で負かした刺客・壮太もまた、親友を喪い、この先の道を模索していた。倒幕派と幕府側が一触即発という混迷する時代の中で、歴史的事件、『竜馬暗殺』の瞬間は刻一刻と近づく…果たして、あずみは竜馬を暗殺するのか！？そしてその先にある結末は…！？大人気作品、ついに感動のフィナーレ！！
