水戸の徳川斉昭を暗殺するため、公家・土御門家の息女、知子に化けて斉昭のもとへ潜入したあずみ。好色な斉昭の手をかわしつつ、誰にも見られない場所で斉昭を討ち、自分が討ったことを誰にも疑われてはならないという困難な使命を果たすため、入念な計画が練られていくが…
あずみを狙う幕府の重臣たちは、囮（おとり）とするために駿介を捕らえた。為す術のないあずみは、京を離れることで事態の解決を図るが江戸では、家族同様の向家（むかいけ）の人々が……自分のために、大切な人たちが苦しい目にあう。自責の念に捕らわれるあずみは、精神的に異常をきたし……最大の危機が訪れる！！
たとえ正体がばれようとも、捕らえられた駿介の救出を決意するあずみ。そして……もう一つの決意を迫られる事が起きる。それが…坂本竜馬への恋。刺客として、武器にも弱点にもなる「女である」ということに直面するあずみ。叶わぬ恋と知りながら、想いを封じることができないあずみは、勇気をもって竜馬に告白し、一度だけ抱いて欲しいと願う。そして……
長征軍参謀・篠田源太郎の暗殺に成功したあずみだが、待ち伏せしていた服部半蔵らの銃撃を受け、足を撃たれてしまった。竹細工職人の茂吉に匿われることになるが、この男、女のことしか頭にない。…………執拗な追っ手に、あずみは逃げ切れるのか！？
人を殺めることを生業とし、明日をも知れぬ世界を生きるあずみ。双子ながら、平和な御家人の家庭で、全く違う育てられ方をした駿介……これまで隠し通してきたあずみの正体が、ついに駿介にばれてしまう。血に塗（まみ）れたあずみの顔を見て、駿介は何を思う。激動の幕末の中で、二人の道はそれぞれどこに向かっていくのか……？
服部半蔵の父に追われるあずみは、どこに隠れても執拗に狙われる――。一方駿介は、竜馬とともに志士として活動し始め、新撰組隊士で幼馴染の圭次郎に命を狙われることになる。その圭次郎が恋をした相手が、駿介も思いを寄せる「はな」であった。明日をも知れぬ命の二人に、同時に愛された半玉の「はな」は――？
復讐に燃え執拗に狙う服部半蔵に、匿われてた寺も急襲されてしまったあずみ。さらに身を隠すが、半蔵に教育された少年の自爆攻撃にあってしまう。怪我をしたあずみは、駿介の元に身を寄せる一方、竜馬の手助けをしたことにより、倒幕派として追われる駿介に対し、新撰組の幼馴染、圭次郎は駿介を斬る決意を固め…刺客として生きるあずみ。理想のために活動する駿介。ともにその身を狙われる中で、幕末の乱世を生き抜けるか！？
その執念により、何度となくあずみに攻撃をしかけてきていた服部半蔵と、直接対決の末、ついに仕留めたあずみ。だがそのあずみの前に、出羽守に差し向けられていた刺客、壮太が現れる。二刀流で能力も優れる壮太の前に、あずみは初めて痛恨の敗北を喫し、敗走することとなった。一方その頃、恋した相手、舞妓のはなを喪った駿介と圭次郎は、はなの墓の前で、出会ってしまう。互いに敵同士となってしまった二人は…！？
岩倉具視と大久保利通から竜馬暗殺の脅迫を受け、苦悶するあずみ。一方あずみを剣で負かした刺客・壮太もまた、親友を喪い、この先の道を模索していた。倒幕派と幕府側が一触即発という混迷する時代の中で、歴史的事件、『竜馬暗殺』の瞬間は刻一刻と近づく…果たして、あずみは竜馬を暗殺するのか！？そしてその先にある結末は…！？大人気作品、ついに感動のフィナーレ！！
