明治4年――政府の高官になり、西郷隆盛の信頼も篤い駿介は幕末の時に思いをはせる。……友の死、あずみが刺客であったこと、そして坂本竜馬をあずみが斬ったのではないかという疑惑……そして、時は幕末へ――駿介は、自分の生き方に大きな影響を与える坂本竜馬と出会う。あずみ、駿介たちの舞台も、江戸から、天誅の嵐が吹き荒れる京へ！！あずみに課された暗殺の標的は…？
1860年（安政7年）3月3日、江戸城・桜田門外。時の大老・井伊直弼は、登城してきたところを水戸藩から脱藩した18名の浪士に襲われ殺害された。後に「桜田門外ノ変」として歴史に残るこの事件の裏に、ひとりの美しい少女の姿があった。少女の刃は混乱の中、井伊の命を一瞬で奪い…。
万延元（1860）年・春。水戸の徳川斉昭が送りこんだアメリカ公使・ハリス暗殺部隊から、見事にハリスを守り通すことに成功したあずみ。人の命を奪うのではなく、救うという任務で手柄を立てることができたあずみは、いつになく上機嫌で向家を訪れる。だがその頃、駿介の父は…
水戸の徳川斉昭を暗殺するため、公家・土御門家の息女、知子に化けて斉昭のもとへ潜入したあずみ。好色な斉昭の手をかわしつつ、誰にも見られない場所で斉昭を討ち、自分が討ったことを誰にも疑われてはならないという困難な使命を果たすため、入念な計画が練られていくが…
自らを慰みものにしようとする旗本の欣矢たちに拉致された志乃は、無念の中自刃して果てた。同じく拉致されていた志乃の婚約者・菅野は、怒りと絶望から刀をとり欣矢らに襲いかかるが、多勢に無勢ゆえに力尽きてゆく。そんな悲劇をつゆ知らぬあずみは、水戸で斉昭暗殺決行の時を迎えており…
非業の死をとげた志乃と菅野先生……家族は死を賭して仇討ちを決意する。その家族を守るため、あずみは師の教えを破り、憎き、滝沢欣矢らを斬る覚悟を決める……時代は開国した幕府への非難の声が高まり、尊王攘夷の風は嵐へと移りゆく。あずみに思想はない。刺客という道を……己を捨てて生きる。
攘夷に燃える水戸藩脱藩浪士の標的にされた勝海舟を守るためあずみは勝の乗る屋形船に駆けつける……が、そこに駿介が！！決して正体を知られてはならないあずみはどうする！？……攘夷の嵐は、看過できない問題となり、老中や英国総領事を狙う浪士たちの企みに、命を受けたあずみは戦う。敵は12人。しかも、新式銃が……
あずみの舞台は、天誅の嵐が吹き荒れる、動乱の京へ！！清河八郎の暗殺指令…そして攘夷の洗脳をおこなう聖覚院慈行…あずみの思いとは無関係に、人を殺す命令が下される。そして、同じ刺客・岡田以蔵との出会い。彼のあずみへの想いは大きく膨らんでいく……
あずみの使命は、京にて、天皇や公家に攘夷を焚き付ける聖覚院慈行を暗殺すること。しかし、慈行は替え玉を使っており、未だあずみはそのことを知らない。そして、決行日が来た！！常に死を背負いながら戦う幕末最強刺客・あずみの戦いは続く。そして、あずみに惚れる男・岡田以蔵。彼の思いにあずみは……
幕末の傑人・西郷隆盛の命を狙う桑名藩家老・服部半蔵。半蔵に育てられた忍者を阻止せんとするあずみ。これより、服部半蔵vs．あずみの長く、壮絶な戦いが始まる。西郷暗殺を阻止したものの、桑名藩に呼び出されたあずみは水中戦を得意とする忍者たちの罠にはまり……そして、その戦いの折、あずみが正体を見られてしまった相手は薩長同盟の立役者となる、坂本竜馬だった……
