埼玉県甲子園予選三回戦を目前にして4階から転げ落ち、右足を怪我してしまった水樹。自分に期待してくれている虎輝に応えるために怪我の痛みがひくのを祈るが、想像以上にダメージは大きく、歩くこともままならない。そして試合の日。対戦相手は投手としても打者としても一流の影巳誠二擁する不動高校。ピッチャーの赤井は「完全試合をやってやる！」と息巻くが、初回からいきなりノーアウト満塁の大ピンチ！！おいおい、大丈夫なのか！？
ビジュアル系バンド「エロス」のリーダー・水樹百合は、男しか愛せない県立九星高校2年。そして、愛する男・金田虎輝（とらき）の甲子園出場のため、やったこともない野球に挑む。そして、チーム「カルマレイン」の雨野渦女（うずめ）は、そんな水樹をおとせるか賭けをしていて……！？『アガペー』とは肉欲を越えた真実の愛！弱い男と強い女の友情？愛情？物語！風水魔球炎の伝説が今はじまる！！
どうしても虎輝を甲子園に行かせたい水樹は、風水の力を使うことにする。しかし、その力を使うと水樹はなにかを失ってしまうという。そんなとき、水樹を入部させた虎輝に反発する部員が退部してしまい、野球部は存続の危機におちいる。
問題は山積みながらも、甲子園への道を進み続ける九星高校野球部は、新たに春樹をメンバーに加え練習に励む。だが、ある日、校長室に呼ばれた虎輝は、長髪にピアスと、何でもありの野球部の現状をみかね、「野球を続けたいなら、ルールを守れ」と通告されるのだった……
甲子園地方予選の第4回戦も終盤、ガタガタの身体で新しい風水魔球“青龍”を投げた百合は血を吐いて倒れてしまう。必死の投球を続けてきた、そんな百合の姿に、「今日は投げたくねーんだよ」と渋っていたエースのナツオが立ち上がる。しかし、以前、頭にデッドボールをくらったナツオの目は、強烈な夏の陽射しのために、全てが霞んで見える程度の視力しかなかった！ナツオと九星高校、絶体絶命の大ピンチ！！と、その時、ナツオの視力を奪っていた太陽が雲に遮られ、ナツオの視力が復活する……。
九星高校と聖欄高校の激闘は、10対10のまま延長に突入する。両校のピッチャー、百合と陸中蛇は互いに一歩も引かず、得点を許さない。しかし、周囲の“気”の力を集めて利用する風水魔球の百合に対し、自らの精神と肉体の力で“勁”を生み出して投球する太極拳投法の陸中蛇は、疲労のピークを迎えようとしていた。百合が、そして九星高校が有利、という状況で、陸中蛇のなかで何かが変化し始める。「こんな気持ちは初めてや…負けたくないと思っとる…。」
中蛇が転校してきて、五行の選手がすべてそろった九星高校野球部。そして、抱尼（だきに）のために頑張る夏生と中蛇の活躍により、ついに決勝進出を決める。しかし、抱尼は二人の目の前で静かに息を引き取る。
九星高校対天馬高校の息詰まる熱戦は、大きな山場を迎えていた。九星高校6回表の攻撃、得点圏にランナーを置き、バッターは虎輝。それまでライバル・海馬の前にいいところなしだったが、この打席は気迫が勝り、センター前にはじき返すヒットを放つ！！が、ランナーの春樹は、体に受けたデッドボールの影響で、いまいち体にキレがない！「だめだ…」と思われた瞬間、体の痛みに逆ギレした春樹が爆走を開始する！！
自らの声と引き換えに海馬との勝負に勝ち、そのまま行方をくらませたユリ。そして3か月後、虎輝を甲子園に連れていく、という念願を果たした彼は、甲子園進出を決めた地元の球場で命を絶とうとしていた。だがそこに海馬が現れ、風水魔球抜きで自分ともう一度勝負することをユリに迫る。一方、ユリを欠く九星高校は、海馬の予言通り甲子園で惨敗を喫する。ユリはもう一度、マウンドに立つことを決意するのだった……。
