飛田神社付近で俄かに増殖する妖たち…それは、大神獣・麒麟の復活を意味していた。歴代最強とされる初代飛田家当主が、かつて命と引き換えに封じた恐るべき存在。その麒麟が、今まさに長い眠りから覚めようと…かつてない危機！だがマコトがまなと今度一緒に戦えば、命の危険があると知った玖海は、麒麟に一人で立ち向かうことを決意する。果たして玖海の運命は！？その時、マコトとまなは！？超弩級史上最大の敵を迎えた今、知られざる兄妹の絆が明かされる…
彼女が欲しくて欲しくてたまらない主人公・飛田マコト15歳。基本的にはいいヤツだけど、全然モテナイ。おまけに背が小さい。そんな彼の前に、ついに憧れの女の子が…！？でもなんか…ちょっと…アレ！？夢と感動と衝撃（？）が一緒にやってくる“超弩級”ラブコメディー！！
突然、東京湾岸地区の地中から現れた、謎の巨大宇宙生物。敵の不意打ちを受けて戦闘不能状態に陥ったまなを救うため、マコトは敵に立ち向かおうとするが、当然ちっぽけな人間ひとりが体当たりしたところでかなう相手ではない。そこに土田が現れ、まなが本来の力を発揮する方法をマコトに教えるが…？
まなに求愛する自称「愛の探求者」塩屋センリ。その正体は、なんともう一人のカテゴリー『D』だった！？無限の変身能力を持つセンリの前に、マコトとまなの絆が引き裂かれる…！？塩屋センリ編、愛と衝撃の完結！！さらに“海の向こうから”やってきた謎の女の子モンタナ登場。金髪で巨乳でアニメっ娘で…3拍子そろった（？）少女の意外な正体、そして目的は…！？超弩級ラブコメ…かつてない壮大なスケールの新展開に突入！！
「人類は、もう終了だからね。」行方不明となった加藤明美ちゃんを捜すマコトの前に現れた謎の少女。そして突然にして衝撃の一言。一体彼女はナニモノなのか！？なにやらマコトを知っているようだが…！？人類を、地球を、いや宇宙すべてを揺るがす超超弩級な新章ついに開幕！！そしてそれは、時空を超え、マコトの知られざる過去をも明らかに…！？
マコトの千年前の恋人・ミコト率いる宇宙生物による攻撃で、滅亡寸前の人類。もはやなす術ない中、最後の希望の星、まなも人類の生贄として米軍に捕らえられてしまう。地球滅亡のカウントダウンが始まるなか、まなの救出に向かうマコトだが！？49メートル46センチの巨大少女物語、ついに感動のクライマックス！！果たして人類の行方は！？マコトとまなの運命は！？そこには、誰も見たことのない「超弩級」の結末が…！？
