アメリカ合衆国の某基地。そこでは、かつてバーディーの捕獲を試みたアンカーマンを中心として、月面に墜落した地球外生命体（アンノウン）の宇宙船の調査計画が進んでいた。その頃、「アグニケミカル」本社に乗り込んだバーディーは、阿久津たちヴォルタミン開発の関係者に、高柳縁の死の件について問い質そうとしたが、彼らは「謹慎中」だという。そう隠しだてするアグニは、あらためて会見を開くが、内容が事件の真相とはかけ離れており…！？
浪人生の千川つとむは、かつて宇宙捜査官・バーディーの捜査の巻きぞえで瀕死の重傷を負い、緊急措置で人格のみを彼女の身体に移し「二心同体」に。現在は、その秘密を知る友人・須藤と予備校に通いながら普通（？）に浪人生活を送っていた。そんなある日、高校のOBでジャーナリストの室戸に頼まれ「アグニケミカル」という会社に実験データを受け取りに出向いたつとむは、いきなり襲撃に遭う。その時、バーディーが目覚めて…！？天下無敵のSFアクション、新たなる戦いがここに始まる！！
3年ぶりに出現した獣人（ビースト）を素手で撃退した防衛省の第4特務自衛隊。彼らはバーディーたち地球外生命体（アンノウン）と戦うため、「アグニケミカル」の開発した新薬ヴォルタミンにより肉体を強化した部隊であった。その「強化兵計画」で弟をに使われた高柳縁は、アグニを告発しようとして消された。つとむは彼女の実家を訪れ、娘の死を受け入れられず憔悴しきった母親と対面する。そして、アグニの悪事を暴くことを改めて決心するのだった！
アグニケミカルの研究所に侵入したバーディーとつとむは、人体兵器開発の犠牲で獣人化した者たちの人体標本を目の当たりにし、激しい憤怒を制御できずに研究所を破壊してしまう。一方、その夜につとむと待ち合わせしていた中杉は、事故に遭ってしまい…。
宇宙連邦の捜査官・バーディーに誤殺され、二心同体となってしまった平凡な高校1年生・千川つとむは、時を経て浪人生に。そのつとむが高校時代から想いを寄せる中杉小夜香が、交通事故に遭ってしまう。彼女の意識を回復させるため、奇しくも、バーディーが追うテロリスト・レビが統べる病院内で、連邦製の殺戮ロボットに記憶を移植する実験が行われる。殺戮兵器の製造に関与した父親、そしてその実験体とされた自分自身も許せない、中杉。その贖罪の意志を抱え、暴走する殺戮ロボット。中杉の思いと対峙するつとむは…。そして、その暴走の場で、つとむと邂逅するのは…。神の御業か悪戯か？ここに、役者は揃った…！
バーディー、ついにレビとの邂逅果たす！！中杉の記憶を宿す殺戮ロボットの暴走を止めようと病院へ向かう、つとむ。その場で、バーディーが追うテロリスト・レビとの遭遇を果たす。殺戮ロボットの製造に関与した父への怒りを宿し、己の命を絶とうとする中杉。彼女につとむの叫びは届くのか…！？そして、レビの策謀の核心とはなんなのか…！？
レビを抹殺せよ。連邦政府の方針に背を向け、あくまで逮捕を望むバーディー。レビは意外にもバーディーを自身のもとに呼び、己の過去を語り始める。「自分は奥の院によって生み出された化け物だ」と明かしたレビが辿った悲劇。なぜ、テロリストと成ったのか…？バーディーが追う逃亡犯、レビの真実！！問わず語りは核心へと！！
指名手配犯であるレビの圧倒的な力に屈し、囚われの身となってしまったバーディーとネーチュラー。そして地球、連邦、レビと帝国…地球を舞台にそれぞれの思惑が入り乱れ、時空を越えた戦争がついに始まる――！？それぞれの思い、それぞれの使命を抱え、闘いの場へ。バーディー達の命は、そして地球の未来は？
指名手配犯・レビの逮捕に尽くすバーディーと、レビ殺害の使命を帯びたネーチュラー。それぞれの任務と思惑が入り乱れつつも、バーディーは囚われの身のネーチュラーを救出しようと動く。初めて手を握った、バーディーとネーチュラー。連邦の潜入捜査官カシューも参戦、彼らの脱出ゲームの行方は…いかに…！？
レビ殺害の任を帯びたネーチュラーが、化け物へと姿を変えてゆく。その彼女に対峙するバーディーは…？そしてその事件を発端に、宇宙人の地球への襲来を日米政府がいよいよ発表。「未確認生物」を巡り、人類史上忘れえぬ日が訪れる――！！バーディーとネーチュラー達イクシオラが抱える、悲しき運命。翻弄されるネーチュラーの最期！そしてレビと帝国の力を得た日米政府は、ついに連邦との対戦へ！！
