宇宙連邦の捜査官・バーディーに誤殺され、二心同体となってしまった平凡な高校1年生・千川つとむは、時を経て浪人生に。そのつとむが高校時代から想いを寄せる中杉小夜香が、交通事故に遭ってしまう。彼女の意識を回復させるため、奇しくも、バーディーが追うテロリスト・レビが統べる病院内で、連邦製の殺戮ロボットに記憶を移植する実験が行われる。殺戮兵器の製造に関与した父親、そしてその実験体とされた自分自身も許せない、中杉。その贖罪の意志を抱え、暴走する殺戮ロボット。中杉の思いと対峙するつとむは…。そして、その暴走の場で、つとむと邂逅するのは…。神の御業か悪戯か?ここに、役者は揃った…!
日米政府がついに、宇宙人の襲来を公式発表。レビの引き渡しを求めて地球を訪れた連邦からの使節船に“侵略者”という刻印を押した米軍は、偵察艇を撃墜。一方、バーディーは「禁書」と呼ばれる存在を追うことを上司に命じられ…!?偶然の産物か、人類の必然か。新たな時代の幕が開く!!連邦の使節船が到来し、レビの抱える思いが明かされ、絡まりあった謎がひとつずつ核心へ!!
連邦から到着した巨大な宇宙船が東京湾に停泊。レビの引き渡しを求める連邦の使節団と、奇しくも日本政府主導で交渉せざるをえない事に…一方、レビが秘密裏に保持する「連邦の禁書」、その封印を解く時が訪れた。連邦の秘密が記されている、とされてきたその中身にはなぜか“未来”が綴られた中杉の日記が封入されていた!!更なる謎を呼ぶ、中杉の日記の内容とは…?
地球変貌の刻、迫る!奥の院を崩壊させるために犯罪者に成り果てたレビ。奥の院の原型を創り出してしまう中杉。連邦を支配する「奥の院」という存在に振り回される連邦と地球、そしてレビと中杉の決意に対し、バーディーとつとむは如何なる未来を切り拓く--!?無敵の二心同体SF巨篇、完結の第13集!!