アリスはアザゼルに施設から抜け出すベストポイントを聞き、実験体の少年たちを連れて脱走を試みる。だが、その教えられた場所にはキースたちがいた。「どうして自由にしてくれないの！？私は私でいたい」と泣きながら訴えるアリスだったが…！？
エグリゴリの船に乗り込んだ風（ウインド）は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…！？壮大なる熱きドラマ、堂々の完結！！
