カツミの奪還とアリスの破壊を目指して、エグリゴリの本拠地・カリヨンタワーに侵入した涼たち。涼と隼人は、まずはボビーという敵を倒す。だがそのボビーはアームズの実験体、しかも子供だったため涼は自責の念にかられてしまう。
エグリゴリの船に乗り込んだ風（ウインド）は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…！？壮大なる熱きドラマ、堂々の完結！！
