アームズの、エグリゴリの謎を探るため、涼、隼人、武士が旅に出る。行く手に待ち受ける真実とは…！？そして、押しよせる新たな敵・C．Tと鐙沢村民。絶対絶命のピンチのなか、カツミの身に…！？圧倒的迫力でつづられた第一部「覚醒編」完結！
エグリゴリの船に乗り込んだ風（ウインド）は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…！？壮大なる熱きドラマ、堂々の完結！！
