新たな刺客・レッドキャップスは、涼たちの住む街・藍空市の情報を混乱させ、通信手段を断絶、さらに物理的に外部とつながる橋をすべて破壊。藍空市全体を舞台に大規模な包囲網を作って、戦争を仕掛けてきたのだった。
エグリゴリの船に乗り込んだ風（ウインド）は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…！？壮大なる熱きドラマ、堂々の完結！！
