高槻涼は進級したばかりの高校二年生。始業式のその日に現れた転校生・新宮隼人は奇妙な左腕を振りかざし、突然涼に襲いかかった。さらに、対峙する二人の前に、謎の男・爪(クロウ)が現れる。爪が涼の幼なじみ・カツミを傷つけようとしたまさにその時、涼の右腕が…!?その腕が掴むものは…神の未来か、悪魔の過去か…!!
エグリゴリの船に乗り込んだ風(ウインド)は、いきり立つコウ・カルナギと、スティンガーを諌めて手を組み、この船に積まれている重要なものを探す。見つけたそれは、使い方によっては地球をも動かす圧倒的な力を持った、核以上に危険なものだった。
キース・ホワイトの歪んだ野望が生んだ「プログラム・バンダースナッチ」を発動し、東京に出現したカツミ。人類を滅ぼすため、ホワイトはカツミとの融合を図ろうとする。その進撃を止めるため都心へ向かった涼たちは敵・モジュレイテッドの妨害をかいくぐり、アームズの力を完全復活させるが…!?壮大なる熱きドラマ、堂々の完結!!