泉が殺された事件の背後に、東京都の副知事・城島が絡んでいるとにらんだ唐沢たちは、城島を連れ去る。だが、その矢先、唐沢の仲間である東新宿署署長の栗木が逮捕されたという連絡が入った。それが城島の差し金だと気づいた唐沢は、城島に真っ向から勝負を挑む。
今から2年前、新宿・歌舞伎町に、その男はやって来た。まず向かったのは闇金融の『伊丹商事』。男はオーナーの伊丹に担保なしで「とりあえず1千万」貸してくれとうそぶく。伊丹は用心棒のヤクザ・キムに男を叩き出すように命ずるが、キムが逆に殴り倒されてしまう。「気にくわない奴は殴る！」。新宿・歌舞伎町を舞台に、警察にも暴力団にも屈しない男・唐沢辰巳の挑戦が今、始まる！
唐沢にコケにされた関西山王会の藤巻の怒りは、関東を束ねる村雨に向けられた。怒鳴り散らす藤巻の醜い態度に怒りを抑えながらも、命令通り唐沢に刺客を出そうとする村雨のもとに、当の唐沢が姿を現わす。そして、神戸へと向かっている藤巻に、すでに追っ手を放ったとうそぶくが…！？
唐沢は、山王会・石倉の金とは知らず30億円を強奪し、3万人の組織を敵に回してしまう。そんな唐沢のため、盟友・伊丹は石倉と交渉し、石倉と対立する藤巻を殺害することで、手を打つことになる。そして伊丹は藤巻殺しのため、キムとタンをヒットマンにしようとするのだが、唐沢に激しく突き放されてしまう。
『新宿祖界』に乗り込んだ藤巻に対し、唐沢は山王会を抜け、新宿に新生『藤巻組』を作ることを提案する。彼の真意を計りかねた藤巻は、連絡係として子飼いの構成員・勝男を残し、ひとまずはその場を去る。一方、村雨・石倉はそれぞれ四代目の所に赴く。彼らの狙いとは…！？
新宿をラスベガスと同じ街にするべく、仲間たちと改革を始めた唐沢。だが、歌舞伎町を牛耳ろうとする韓国の組織長・ハンと村雨が、密かに策略を練る。一方、唐沢に想いを打ち明けた優香は、唐沢に連れられ関東刑務所を訪れていた。彼女が紹介された女性とは…！？
刑務所を出所した里美の行方を追い、海崎と唐沢が激しく争う。そして、海崎の土下座に心を動かされた藤巻は、歌舞伎町に馴染み始めた仲間をハンたちに託し、ひとり決意を固める。藤巻は唐沢に想いを寄せる少女・優香をさらい、ラブホテルに立てこもる。仲間からの報らせを受けた唐沢は…！？
クーリー・タオの襲撃と同時に、山王会の跡目争いに巻き込まれてしまった唐沢。連携しつつあった山王会の実力者・村雨は銃弾に倒れ、再会するはずだった里美を海崎に奪われてしまう。さらに、タオに勝男を撃たれた藤巻が、単独で報復の動きを始める。八方塞がりの危機を脱すべく、唐沢はある決心をする。
香港の黒幕、レイモンド・タオの放った刺客が、唐沢が入院する病院を襲った。手段を選ばない手荒なやり口に、唐沢の配下、タンが命を落とす。タンの仇を討つため、レイモンドに正面から宣戦布告した唐沢。まずは彼のマネーロンダリングの顧客たちを個別に攻撃する。
唐沢らを裏切り、レイモンドに与した石倉。それにより、唐沢を助けに出たクーリーと藤巻は監禁されてしまう。一方、レイモンドのアジトに乗り込んだ唐沢には、紅との死闘が待っていた。そして、単身乗り込んだ敵地で、裏切り者の石倉と対面した唐沢は、黒幕レイモンドの側近・紅を消すと宣言する。
唐沢たちはついに香港地下組織の黒幕、レイモンド・タオを追い詰める。逃げ場を失ったレイモンドを、その息子・クーリーが海上へ連れ出す。父親を憎み、自分の汚れた過去に苦しむクーリー。共にここで死ぬ覚悟を決めた彼は、レイモンドに銃口を向ける。
