父・剣十郎とともにジャングルで修行にはげむ型破りの少年剣士…その名もYAIBA（ヤイバ）！そして今度は、新たな修行の地、日本で、風雲児・刃が大活躍。宿敵・鬼丸猛と互角に渡りあって、鉄刃、ただ今サムライ魂一直線！！
かぐやの命を受け、牢獄から解き放たれた反乱分子・ゲッコー。コイツがとにかく危ない奴で、無断で魔王剣の封印を解き、所狭しと大暴れ。全てを破壊し尽くす魔王剣の前には、さすがの刃も、絶体絶命…大ピンチ！！
さやかを助け、我らの地球を守るため、宿敵・鬼丸の力を借りた刃。風神・雷神捨て身の合体攻撃で、巨大な龍と化し、絶大なパワーを持ったかぐやと大決戦。そして、刃が7つの力を結集させた時、龍神剣から白い龍神出現！！
ネズミの秘薬でちっちゃくなった刃とさやかが、［強］ネコ・ドクロと決死の対決！！そして今度は、妖刀・物干し竿の封印を解き、いきなり江戸時代へタイムスリップした刃。現代へ戻る手掛りは武蔵VS．小次郎の巌流島決戦にあり！？
原因不明の地震続発でパニックの東京に、今度は不気味なピラミッドが出現。そして、新必殺剣を完成させた刃は、助けを求める謎の少女・エメラルドの案内で、ピラミッドの内部へ侵入。日本征服を企む、恐るべき敵の正体は！？
さっそうと敵陣へ乗り込んでいった刃達。しかし、8番目の部屋には思わぬ強敵が。刃の使うすべての技をコピーし、反撃してくる三人のソルジャー。それもエメラルドに瓜ふたつ！！やっぱりこれは、ワナだったのか…！？
超重力装置を破壊し、日本の危機を救った刃。だが、恐るべき“地の民”の次なる作戦は、地球をのっとるための総攻撃。怒り爆発、燃える刃は、敵の本拠地・地下帝国へ突入！そこへ立ちはだかる巨人登場。ちょろいもんだぜ！？
魔物を閉じこめる封印の塚を荒しまわって、不気味な動きをみせる鬼丸。魔王剣で邪悪な力を復活させようというのだ！そこで、最後の封印を死守すべく、刃達は鬼丸軍団に立ちむかう。勝利の行方は刃の“覇王剣”にあり！！
刃達の防戦もむなしく、とうとう復活してしまった太古の魔物・ヤマタノオロチ。その怪物を操り、日本ばかりか世界までも焼き尽くそうとする鬼丸！！止める手立てはただ一つ、天下の聖剣・覇王剣で鬼丸を倒すしかない！！
覇王剣の真のパワーが炸裂し、長かった鬼丸との死闘に勝利をおさめた刃。魔物も倒し、再び日本に平和が訪れた。そして、日本一のサムライをめざす刃は、剣道で全国制覇を達成。そこへ、刃の秘密を握る謎の少女が出現！！
父・剣十郎にあうため出場した織田信長御前試合。刃は、天下一の侍を決めるその危険な試合（ゲーム）で、思いもよらぬ相手と対戦！？はたして刃は、困難を乗り越え、真の侍になることができるか…。夢と冒険の剣勇伝説、堂々完結！！
