350年ぶりに復活した闇の剣士、柳生十兵衛三厳。ところが、まるで刺客の自覚がなし。おまけに、酒を飲むと酒乱のオオカミに変身するヘンなやつ。この十兵衛を新たな仲間に加えて、刃、いま再び五右衛門と川中島大決戦！！
父・剣十郎とともにジャングルで修行にはげむ型破りの少年剣士…その名もYAIBA（ヤイバ）！そして今度は、新たな修行の地、日本で、風雲児・刃が大活躍。宿敵・鬼丸猛と互角に渡りあって、鉄刃、ただ今サムライ魂一直線！！
風神の剣に魅入られ、悪の化身と化した宿敵・鬼丸。そして刃は、打倒鬼丸のため天狗岳に住む怪老人・宮本武蔵のもとで厳しい修行を開始。はたして、“伝説のサムライ”刃は、もうひとつの魔剣・雷神の剣を見事操れるのか！？
雷神の剣に秘められた、ただならぬ脅威。今、その剣を狙って、鬼丸の刺客・甦った八鬼軍団が次々に刃に襲いかかる！！だけど、なんだかおかしな連中ばかりで…。えーい、まとめて必殺技“せんぷう剣”をおみまいだっ！！
推定年齢400歳。師匠・ムサシの一風変わった教えを受けながら、鬼丸軍団八鬼を相手に大奮闘中の刃。そして、いつの間にか仲間に加わったカエル男・ゲロ左ェ門も一緒に、刃の修行の旅は、今、楽しくにぎやかに進行中！？
蘇った天才剣士・ゾンビ小次郎の操る、魔剣“物干し竿”のまえに、せんぷう剣敗れる。そして、いま再び無敵パワー雷神の剣が炸裂！！自由自在とはいかないけれど、雷神に打ち勝って、刃、大健闘。対決間近…鬼丸、覚悟っ！！
鬼丸城総攻撃作戦開始！！一致団結し、さっそうと乗り込んだ、勇敢で無謀な刃たち。そして、それを待ち受けるのは最強の獣鬼・鬼丸四天王。刃VS．鬼丸対決の時も近し…新たな必殺技“かみなり斬り”を武器に突撃だ！！
なにぃ～、鬼丸城が空を飛ぶ！？宿敵・鬼丸の手におちた雷神の玉を取り戻すためには、なんとしても、あの伝説の“龍神の玉”が必要なのだ。そして玉の地図に導かれ、再び旅にでた刃たちが出会った謎の玉の正体（パワー）とは！？
んんっ、海が割れた。刃が手にした水神の玉の威力の前に、いま瀬戸内海が、真っ二つ。いざ、次なる伝説の玉を求めて、目指すは四国。だが、気をつけろ刃。なにやら鬼丸とクモ男のワナの匂いが…。玉合戦、最高潮
天下の大泥棒・石川五右衛門に奪われた、玉伝説の地図を取り返せ！！めざすは大阪鬼丸城、動く大仏に乗って突撃っ。だが、敵の切り札・鬼丸城ロボットの猛パワーに、大仏様も大苦戦。さあ刃、五右衛門なんかぶっとばせっ！！
