高杉との約束で勝海舟を斬りに行った竜馬だったが、勝の海軍強大論や開国論を聞いて感動し、その場で勝に弟子入りを請うた。竜馬は、幕府役人の弟子になったが倒幕の意志は変わらなかった。一方、左幕派の土佐と倒幕派の長州が仲直りの意を含んで藩主の息子、娘が婚礼を上げたが、それぞれの火花がおさまることはなかった。勝らは攘夷をしようとする京の帝を説得するために、まず公郷を説得すべく、姉小路公知を、幕府の黒船に乗せ、その威力を示した。これにより攘夷の熱が冷めた姉小路だったが、武市ら倒幕派により暗殺されてしまう。
労咳を患っていた高杉の病状悪化を聞き下関に向かった竜馬だったが、高杉の最後には間に合わなかった。また海援隊の船が紀州藩の船と衝突沈没し、海援隊は船を失ってしまった。そんな時に突然、勝が竜馬を訪ねてきた。そこで竜馬は戦わず倒幕する方法を模索するのであった。そして、倒幕左幕の間で窮地に立たされた土佐を救って欲しいという後藤に対し、大政奉還を思い付いた竜馬。さっそく後藤はこれを山内容堂に伝えた。竜馬はこの案を薩・長に説くが反感を買ってしまう。
土佐の実家に帰った竜馬は、勤王志士として命を落とした仲間の家に行こうとするが、上士と手を組んだという反発が強く実現できずに京に戻った。また容堂は大政奉還の建白に土佐の兵を上洛させなかった。そのため竜馬は、西郷や大久保に佐幕派と疑われ、薩摩は挙兵の準備を始めた。一方幕府は、大政奉還を受け入れるか否か、対立が起こっていた。海援隊は竜馬を守るため近江屋を隠れ家とし、大政奉還の決断を待った。
大政奉還のための仕事が一段落付いた竜馬は、この大業の幕府側功労者である永井尚志を訪問し、そこで数日後に勝が京にやって来るので5日後にまた勝に会いに来るよう進言された。しかし竜馬は勝と再会することなくこの世を去ることとなる。その日、近江屋に戻ると、風邪気味の竜馬は2、3日横になり、その間、武市や以蔵と過ごした頃の夢を見るのだった。そして、慶応3年11月15日。その日は竜馬の32歳の誕生日だった……。幕末風雲大作、感動の最終巻！
