海軍塾が閉鎖して、竜馬達は勝の手回しで薩摩藩に保護された。そこで逃亡中の以蔵は竜馬に会えた途端、土佐藩に捕まり入獄してしまった。以蔵が真実を吐いてしまう事を恐れた武市達は、以蔵への差し入れに毒を盛るが失敗。それでも竜馬の助けが来る事を信じて口を割らない以蔵であったが、竜馬が薩摩藩に保護され投獄されることがないと分かると以蔵は全てを話してしまった。
弱虫な竜馬は、近所でもいじめっ子の的で、姉の乙女に助けられる毎日。そんな竜馬も7つになり学問は楠山塾、剣道は日根野道場にはいるが、塾でも道場でも落ちこぼれ。とうとう塾を退塾となる。しかし母、幸は病の床でも竜馬を優しく見守ってくれる。そんな幸と花見に出かけた竜馬を見つけたいじめっ子達だが、幸の親切心に心を打たれた彼らは、幸のために捨てられた傘で日傘を作ってくれた。そこに通りかかった上士。土佐では禁止されている郷土の日傘を目撃された竜馬達は…。激動の幕末に一陣の風を送りこみ、炎のように生きた男・坂本竜馬。その英雄の若かりし時代を描く、幕末風雲大作！！
母や友達との花見は上士達によりめちゃくちゃにされ、それにはむかった以蔵は痛い目にあわされた。「真剣ならば勝てた」という以蔵の言葉に再び腹を立てた上士は、以蔵を日根野道場の一人だと思いこみ試合を申し込んできた。立ち会いは家老の娘、加代。その試合に望んだ竜馬や武市、以蔵。延長戦最後の立ち会いで、何を思ったか片手上段の構えをとった竜馬は…。
天狗退治に出かけた竜馬だったが、心優しい天狗・ジョンを助けるため家の蔵にかくまった。しかし天狗の姿を一目見るため、蔵に忍び込んだ加代にその正体が異人であることが知られた。竜馬は、母の幸、加代、などの力を借りて、ジョンを海の沖まで連れていくことに成功する。そして加代の家来として土佐藩主の若君、山内容堂の行列に加わった竜馬だったが……！？
16歳になり剣道の腕を上げた竜馬は、武市とともに菊香楼の用心棒をやっている以蔵に会いに行く。しかし武市の目的は色町の女だった。そこで竜馬達3人は竜馬の家の鎧を質入れした金で色町の女を買ったのだった。そんな竜馬達だが、階級差別の厳しい土佐で、彼らは上士に対する不満をつのらせていた。上士達は、少しでも竜馬達郷土の態度がかんに触ると、無抵抗の彼らに暴力をふるうのであった。
竜馬は日根野道場で目録をもらった。そのうわさを聞いた加代が竜馬を訪ねてきた。加代は江戸の旗本に嫁ぐという。そして今夜、竜馬が無事に加代の室に忍び込めたら抱かれるという。この勝負に出た竜馬は無事、加代の室に忍び込み、初体験を迎えるのだった。その後、竜馬に15ヶ月間での剣術修行が許された。目指すは江戸の千葉道場。この江戸での修行中に、竜馬は長州の思想家、吉田松陰とその弟子達に出会う。
土佐に戻った竜馬は、武市の頼みで郷士達の前で黒船の話をする。そこで頼りにならない幕府は倒すべきで日本の志士になることを彼らに語る。しかし幾度かの会合に感づいた土佐の参政・吉田東洋は、道場の2ヶ月閉門を命じる。武市を攘夷の首謀者と考えた東洋は、武市、以蔵に江戸での剣術修行を許可する。そして病床の竜馬の父は、自分の死が近いのを知りつつ、竜馬を江戸に送り出すのだった。
竜馬は、江戸で北辰一刀流の目録をとり土佐に帰ってきた。また半平太、以蔵も土佐に帰り、土佐の勤王は高まっていた。しかし竜馬を慕う池田寅之進の兄が、上士に因縁をつけられ刺殺、あだ討ちをした寅之進もその責任をとって自ら割腹した。そんな中、武市を党首として郷士らの土佐勤王党が誕生し、その中で武市は藩主、上士まで勤王にしようと語るが、竜馬はあまり乗り気ではなかった。
土佐勤王党を除名された竜馬のもとにジョン・エリックから手紙が来た。長崎の出島に寄るときに、ぜひ竜馬に会いたいのだという。ジョンに会うためには、故郷、家族を捨て脱藩しなくてはいけない。竜馬の気持ちに感づいた兄は脱藩に猛反対だが姉達は竜馬を励ましてくれるのだった。一方、武市は東洋を暗殺のため、一度見限った以蔵に近づきはじめた。
上海で出会った清王朝に抵抗する青年は、西欧支配者達にうたれ重傷を負った。竜馬は高杉に銃をもらい、彼を家まで送りにいったが、そこで西欧兵らの焼きうちを受け、それにはむかった青年は殺されてしまった。竜馬は清国と日本の将来を重ね、ジョンの誘いを断り、高杉らと日本に帰ってきた。京都で一文無しの竜馬を救ったのは土佐の勤王党の仲間達だったが、竜馬が幕府との戦をせず黒船の武力を示すのみで幕府を倒すという考えを左幕派とみなし、竜馬の受け入れを拒否した。
高杉との約束で勝海舟を斬りに行った竜馬だったが、勝の海軍強大論や開国論を聞いて感動し、その場で勝に弟子入りを請うた。竜馬は、幕府役人の弟子になったが倒幕の意志は変わらなかった。一方、左幕派の土佐と倒幕派の長州が仲直りの意を含んで藩主の息子、娘が婚礼を上げたが、それぞれの火花がおさまることはなかった。勝らは攘夷をしようとする京の帝を説得するために、まず公郷を説得すべく、姉小路公知を、幕府の黒船に乗せ、その威力を示した。これにより攘夷の熱が冷めた姉小路だったが、武市ら倒幕派により暗殺されてしまう。
