両藩の意地の張り合いで進展しない薩長同盟だったが、竜馬の立ち会いによってやっと成立した。大仕事を終え、竜馬は寺田屋のお竜のもとへ忍びに行くが、幕府からの追われの身である竜馬はここで、伏見奉行に見つかり襲撃を受けてしまった。この襲撃で手に重傷を受けたものの、西郷や長州の三吉らのおかげで捕らわれることなく、京の西郷の宿舎で養生する事となった。
労咳を患っていた高杉の病状悪化を聞き下関に向かった竜馬だったが、高杉の最後には間に合わなかった。また海援隊の船が紀州藩の船と衝突沈没し、海援隊は船を失ってしまった。そんな時に突然、勝が竜馬を訪ねてきた。そこで竜馬は戦わず倒幕する方法を模索するのであった。そして、倒幕左幕の間で窮地に立たされた土佐を救って欲しいという後藤に対し、大政奉還を思い付いた竜馬。さっそく後藤はこれを山内容堂に伝えた。竜馬はこの案を薩・長に説くが反感を買ってしまう。
土佐の実家に帰った竜馬は、勤王志士として命を落とした仲間の家に行こうとするが、上士と手を組んだという反発が強く実現できずに京に戻った。また容堂は大政奉還の建白に土佐の兵を上洛させなかった。そのため竜馬は、西郷や大久保に佐幕派と疑われ、薩摩は挙兵の準備を始めた。一方幕府は、大政奉還を受け入れるか否か、対立が起こっていた。海援隊は竜馬を守るため近江屋を隠れ家とし、大政奉還の決断を待った。
大政奉還のための仕事が一段落付いた竜馬は、この大業の幕府側功労者である永井尚志を訪問し、そこで数日後に勝が京にやって来るので5日後にまた勝に会いに来るよう進言された。しかし竜馬は勝と再会することなくこの世を去ることとなる。その日、近江屋に戻ると、風邪気味の竜馬は2、3日横になり、その間、武市や以蔵と過ごした頃の夢を見るのだった。そして、慶応3年11月15日。その日は竜馬の32歳の誕生日だった……。幕末風雲大作、感動の最終巻！
