アンドレアノフのコーチのもと「楽しい体操」をテーマに、秘密の特訓を開始した駿たち。そして、選手権が開幕。大会には、アンドレアノフと対立する李（リー）コーチ率いる「李軍団」も出場。李軍団はケタ違いの演技を見せ、他を圧倒する。
平成学園中等部一年B組・藤巻駿（ふじまきしゅん）は、将来オリンピックで金メダルを取る夢を抱き、体操部に入部する。ところが、男子体操部は超弱小だと知らされる…！？ロス五輪金メダリスト・森末慎二が原作初挑戦！！金メダルをめざす少年・藤巻駿の波乱万丈、超熱血体操ストーリー！！
男子体操部は女子部に鉄棒の場所を奪われてしまい、大弱り。そんなとき、駿たちは庭に体操用の鉄棒を持ち、子どもたちに教えている名トレーナーのおばあちゃんと出会う。これで鉄棒の練習ができると喜んだのもつかの間、子どもがケガをしてしまい、鉄棒を撤去することになってしまう。
名コーチ・田所のおばあちゃんのおかげで、駿たちはメキメキ上達する。そんなとき、園長から成績が悪いことを理由に、二ヶ月後の夏の大会で六位以内に入らなければ廃部にすると宣告される。そこで、おばあちゃんがウルトラG作戦を計画するが…！？
ケガをして出場できない新堂キャプテンの分もガンバると、一週間の合宿で猛特訓をした駿たち。そして大会当日、それぞれの得意な種目で必殺技をきめ、計画通りの高得点を獲得する。ところが、会場の注目を集める最終種目の鉄棒で、トップバッターの東が思わぬ大失敗を…！？
真田が健闘するも、最終演技者・駿の出番の前にほぼ廃部は決定的になる。それでも駿はあきらめずに、独創的で完璧な演技を披露して最高点を獲得する。結局六位入賞は果たせなかったものの、種目別で三人が優勝し、部は存続することになった。
駿は鉄棒から手を放すことができなくなってしまい、大スランプ。周囲の協力を得て、徐々に勇気を取り戻す。そんなある日、おばあちゃんの家にやってきた、元世界チャンピオンのアンドレアノフの指示通りに鉄棒に挑戦してみると…。
完成されたE難度の演技で、圧倒的な強さを見せつける李軍団。そんな李軍団と対象的なのが、平成学園の選手たち。大失敗してもめげず、観客に大ウケの「楽しい体操」を展開する。そして、第三種目「つり輪」では東が…。
李軍団に暴力を振るわれ、奮起する平成学園の選手たち。最終種目の「鉄棒」で、またもや完璧な演技で高得点を出した、李軍団の後に駿が登場。「楽しい体操」を目指す駿は、のびのびとしたダイナミックな演技を展開する。拍手が鳴り止まぬなか得点が発表され…。
駿は一年生ながらもジュニア種目別選手権の「鉄棒」で金メダルを獲得する。その影響で、新学期を向かえた男子体操部には入部希望者が殺到する。しかし、内田の悪ノリが過ぎて、残ったのはたった二名。体操経験者・氏家（うじいえ）と、駿を恋敵視する問題児・柳沢だけだった。
