公開処刑の一件で雁人の存在を脅威に感じたブラガ所長は、ムライの助言もあって雁人を懲罰房に入れる命令を出す。そこで雁人を待っていたのは、冷酷な担当看守・コワルスキーだった。事実上の死刑を意味すると言われる懲罰房で行われる、恐ろしい拷問に雁人は…！？
ボウリング場の跡地で、外国人の犯罪組織のメンバーが大量に殺された。そして、その現場をたまたま目撃してしまった高校生・原口香保が、何者かに狙われることに。香保の証言によると、現場には「背中に傾いた十字架のような傷を持った男」がいたという。陽子は香保を護るため、雁人に護衛を依頼。自身も「背中に十字の傷を持つ男」とは因縁がある雁人は、この依頼を引き受ける。
ある組織の依頼で、アナを誘拐した国際的テロリスト「蝶＝バタフライ」。そこに娘の面影を見た彼女は、組織にアナを渡さず、雪の降りしきる山小屋に立てこもった。雁人はアナを救い出すため単身山小屋に向かうが、組織もまたそこに迫っていた。蝶は、アナを雁人に託し、自らをおとりにするべく山を下りるのだった。
“天使”により覚醒し、殺人鬼と化してしまった亜紀と、樹海の中で対峙した雁人。斬りかかる亜紀の脳裏には、姉・ちひろとの思い出が蘇っていた。いっぽう雁人は、そんな亜紀の内面の変化に気付き、その行動を見守ることにするのだった…。
雁人が妻子を失った病院跡地に弔いの花束をささげている最中、謎の人物から“音響銃”という特殊武器で襲われた！！義手を奪われ、古いフェリーの船中で目覚めた雁人が、船内を探索しているとスピーカーから憎き“蝶（バタフライ）”を彷彿させる口笛が聞こえてきた…！？
今回の依頼人は、極左ゲリラ組織のリーダー・水原真紀。だが、約束場所の新宿御苑で待つ雁人の前に、マスコミを連れた首相がジョギングで通りかかり、何かを察知して付近のビルに上がった雁人が見たものは、ジョギングコースに向けられたライフルの照準…。国家の要人の命をいつでも狙えるというデモンストレーションを見せつけた後、ようやく姿を現した水原だが、その依頼からは、なんと雁人の宿敵“蝶”の名前が…
海ほたるを完全占拠した“蝶”が、雁人の前に姿を現した。煮えたぎる復讐心に我を忘れた雁人は、正面から蝶に攻撃をかける。だがその刹那、蝶の部下が放った対装甲車用の特殊ライフル弾が、雁人の鋼鉄製の義手を打ち砕き…
自殺志願の女子高生・杉野奈美が、ある日、同級生から耳にした“護り屋”の噂。彼女はイタズラ心から“護り屋”を嘘の依頼で呼び出し、知人の男たちに襲わせるが、あっさりと雁人に一蹴されてしまう。そのとき雁人に手首の切り傷を見られた彼女は、自殺未遂を繰り返して関心をひこうとする女に見られたのではと苛立ち、今度こそ死んでやると山奥に出かけるが…
とある暴力団の潜入捜査中に、会長の娘・加奈と恋仲になった町村刑事。だが彼女と駆け落ちしようとしたところ、若頭・一彦の妨害に遇い、彼を誤ってひき殺してしまった。それから5年後、町村はある約束を果たすため仮出所中に逃亡し、雁人に護衛を依頼するのだが…
遺産がらみで命を狙われているという女性、レイチェル・天宮・ハンターの護衛を引き受けた雁人。さっそく彼女の滞在するホテルに向かうが、部屋はすでに荒らされた状態。さらにレイチェルが黒ずくめの男達に拘束されるしまうが、実はこれらは全て彼女自身が仕掛けた“芝居”だった。レイチェルの正体は米国屈指の警備会社「HSE」のCEOであり、その目的は雁人をヘッドハンティングすることで…
新宿区内で、“蝶”に感化された連続殺人犯・樋口宏明による新たな殺人事件が発生した。瀕死の被害者からの証言で、樋口の次なる目的地を銀座と断定した警察は現地に急行する。そのころ銀座には、入院している雁人の見舞い帰りのアナとちひろがショッピングに来ていたが、そのアナが一瞬の隙を突かれて樋口に誘拐されてしまい…
