新宿副都心の高層ビルの中にひっそりとあるバー“鷹の巣”。裏社会への窓口でもあるこの店へ、御厨亨（みくりや・とおる）という少年が訪ねてきた。彼は店のバーテンダーである七瀬に、銃を売ってほしいと頼む。自分の姉を殺した犯人に復讐するためだ。3年前、竜崎哲夫という35歳の医師が、14人の女性を連続で殺すという事件があった。亨の姉はその時の被害者だ。だが竜崎は精神鑑定の結果、心身喪失状態だったとされ、無罪となっていた。亨は姉の無念を晴らそうと、ゼロに師事。一方の竜崎は、雁人に護衛を依頼する…
ティールーム“SIREN”に、滝沢美香という女性がやってきた。ストーカーに付きまとわれている彼女は、ある探偵社に身辺の護衛を頼んだが、そのスタッフ4人があっさりと殺されてしまったのである。美香は最後の頼みの綱として、“イージスの楯”と呼ばれるフリーランスの護り屋（まもりや）・楯雁人に、ボディーガードを依頼。雁人は見事に犯人をつきとめ、倒し、警察に引き渡す。だがその後、美香は担当の刑事から意外なことを聞いた。楯雁人なる人物は、5年前に死亡しているというのだ。哀しい目をした最強の護衛者（ボディーガード）・楯雁人。彼は一体何者なのか…！？
真島忠男という男から仕事の依頼を受けた雁人。理由は明かさず、明朝8時までに倉境市まで自分を護衛し、送り届けろという。真島は、企業専門のテログループ“クラン”の爆弾制作を一手に引き受けていた、爆弾製造者だ。だが最近両者の関係が悪化し、真島は、殺しを愉しむという冷徹なヒットマン“蛇紋（シェウエン）”から命を狙わているらしい。そこに、真島と雁人を追うスゴ腕の女性刑事・守渡陽子も現れ、四者による激しいバトルが繰り広げられる。最後に笑うのは誰だ…！？
雁人のもとに、かつての同僚で現在は警察庁警務課首席監察官の甲斐がやって来た。彼が担当するのは、警察組織内の犯罪の捜査。最近、警視庁の押収品保管庫から、拳銃、重火器、薬物などが大量に消えているという。警察内部に“天使”と呼ばれる得体の知れない犯罪グループが存在し、押収品を横流ししているのだ。事件解決のため極秘の特捜本部が設けられたが、担当した捜査員は既に四人が殉職。“天使”によって消されたのは間違いない。特捜本部内から情報が漏れたのか、あるいは特捜本部内に“天使”のメンバーがいるのか…。雁人は殺された捜査員の一人・曽田巡査部長の息子で、殺人現場を目撃した拓也の護衛を任され、それと同時に事件の核心に向かっていく…
ある雨の日。雁人と甲斐は、今は廃墟となったかつての病院で出会っていた。そこで二人は“一年に一度の儀式”として、互いの頭に銃を向けあう。この儀式は、一体何を意味するものなのか…。同じ頃、雁人を狙うヒットマンが病院跡地へ向かっていた。彼らは“クラッカーズ”と呼ばれる、軍人上がりの三人組。プロの殺人集団を相手に、雁人は…！？
話は4年前に遡る。雁人はイタリアのシチリア島を訪れていた。“アイギス”と呼ばれる、コーザ・ノストラの伝説的なボディーガードを捜すためだ。雁人はどんな敵からも組織のドンたちを護りぬいた凄腕のアイギスに、復讐のための力を借りようとしたのだった。だがあるレストランの店主で、コーザ・ノストラに詳しいルッソ・アルラッキによると、アイギスはもう何年も前に死んだという。そして雁人の前には、現実感の伴わない、例えれば妖精のような不思議な少女が現れた…
「竜門幇（ドラゴンゲート）」は、古くから日本に根を張る中国系暗殺組織。その結束力は黒社会でも随一とされる。その当主で、殺し屋でもある劉伊健（リウ・イーキン）が、再び雁人の前に現れた。かつて“ネメシス事件”の時に雁人と対決した彼だが、今回は野々宮亜紀という女性を護ってほしいと仕事を依頼しに来たのだ。亜紀と伊健はクラスメイトで、伊健は彼女に好意を寄せている。だが皮肉にも、劉一族の宗家からその亜紀を殺せという指令を受けた伊健は、なんと彼女を自分の手から護ってくれるよう、雁人に依頼しに来たのだった…
警察内部に存在するカルト犯罪組織「天使」が再び動き出した！！天使のメンバーと目され、内偵対象にあった警官5人が相次いで“天使狩り”に遭い、殺害されたのだ。やがて、この事件に「ビースト」と呼ばれる謎の男が関与していることが判明した。甲斐率いる本庁の公安「魔女狩り部隊」が、そして来島ちひろを助手に迎えた雁人が、事件を追って動き出す！
人気連載を終えたばかりの少女漫画家・飛鳥ひとみ。彼女はファンサイトとは異なる、自分の公式ホームページがあることを担当者から教えられた。だが彼女自身は、そんなホームページを作った覚えは全くない。けれども、実際にアクセスしてみると、飛鳥ひとみ公式ホームページ「WelcometoAsukaHouse」は、確かに存在していたのだ。そして掲示板（BBS）の常連たちが、飛鳥の自宅に押し掛けてくる。その裏には、恐ろしい犯罪の計画が隠されていた…
間宮里佳子という大富豪の女性から、娘を3日間護衛してほしいという依頼を受けた雁人。彼女のもとに「令嬢に死を与える使者を送る」という脅迫状が届いたのだ。だが里佳子のいう娘とは、人形のことだった。その人形は骨董美術品としての価値が高いものだったが、雁人は妙な違和感を覚える。その夜、間宮の屋敷に、齢七十を超えてなお現役の殺し屋、野村がやって来た。格闘の末、雁人は野村を倒すが、彼は刺客はあと二人いると伝える。一体、問題の人形にはどんな秘密が隠されているのだろうか…！？
