モンジュの生みの親である柳総一郎博士の消息を追って、後立山連峰を訪れたモンジュたちは、柳博士の墓標とモンジュと同じ姿形をした赤い機体を見つける！戸惑うモンジュたちだったが、そこに現れた三堀によって赤い機体は持ち去られてしまい…
とある田舎の派出所に勤務するロボ警官・モンジュ。近所の子供たちには馬鹿にされ、カップルのいい笑い者になってしまってはいるが、その実体は犯罪対策プロジェクトの切り札として開発された正義の味方。諸事情によって左遷されたとはいえ、まだまだエリート意識の強いモンジュは、こんな田舎の派出所勤務に不満いっぱいな様子でありますが…！？
ある日突然、モンジュの前に現れた一体のプロトタイプ・ロボ。その正体は、破棄処分の決定とともに警視庁から逃亡し、数年間行方不明だったマスコット・ロボ“ピープル”だった。どうやら、後輩にあたるロボ警官・モンジュのことを新聞記事で知り、その様子を見に来たということらしいのだが…！？
真奈の授業参観日。モンジュたちのもとに、真奈の父親である柏木総監と謎の男・三堀が訪れる。父親が授業参観に来たことを喜ぶ真奈だったが、三堀の言葉によって傷ついた真奈はモンジュに「人殺し」と言ってしまう。そして、それを聞いたモンジュの様子がおかしくなって…
護送中に逃走した赤いモンジュが、神谷の予想通りモンジュのもとに現れた。彼を本庁の三堀の手に素直に戻したくない山岸だったが、実は源さんがギンセイプロジェクトの関係者だったことが判明し、そのツテでしばらく派出所に置いてもらうことに。赤いモンジュは“フゲン”と名付けられ、モンジュと共にまるで兄弟のように暮らし始めるのだが…
行方をくらましていた、モンジュの兄弟機フゲン。彼は神谷と対立する三堀の手で秘密裏に捕らえられていた。その三堀の傍らには、神谷の部下であるはずの葉月が。彼女は神谷に対し密かに抱く劣等感を払拭するため、神谷のモンジュに対抗してフゲンを利用しようと三堀に加担したのだった。そして彼らは、ギンセイプロジェクトの失敗で廃墟と化し犯罪の温床となった東京スラムにフゲンを投入するのだが…！？
死傷者を出し暴走中のフゲンを、彼の潜伏先である東京スラムで捕捉したモンジュ。だが同スペックであるはずのフゲンに対し、モンジュはことごとく劣勢に。助けに入った山岸も壮絶な戦闘に巻き込まれ、あわやのダメージを負う。モンジュは自分がフゲンより劣るのは“心”が戦闘の妨げになっているからだと悟り、手負いの山岸に“足手まとい”と言い放つのだが…
バレンタインデーを間近に控え、ソワソワする山岸と、それを見てイライラする神谷。そんな2人からバレンタインとは何かを教わったモンジュは、いつも親しくしている真奈から手作りチョコをもらうが、それにより「自分は男と女のどちらなのか」と悩み出して…！？
テロリストを相手に、日米の警察ロボットが共同作戦。強攻な米国式に対し、モンジュ流の正義の示し方は？そして山岸が死んじゃうなんて…さよなら、君のことは忘れない！！
モンジュに女難の相が！神谷シノ、姫崎あかね、自殺未遂女性に、三堀の妹・ミキ。モテモテどころじゃなく、命をかけて犯罪防止に大活躍！！今一度、メタボリックロボ警官モンジュ、日本を洗濯し申し候！！もちろん、描き下ろしとして後輩警備ロボ・ヘキタンの哀れな日常を激写！良心回路ないはずなんですが……お楽しみに！
