時は永禄11年、桜火率いる火影忍軍は、悪鬼と恐れられる強国の武将・高杉正金の暗殺を企てた。それは高杉が側室にと狙う、ある小国の姫君・桜を守るための計画だった。だが、その企ては失敗に終わり、戦が勃発し、敗北を覚悟した桜姫は自ら命を絶ったという。その桜姫こそ…！？
師であり、もうひとりの父親とさえ言える巡狂座と戦わなければならなくなった凍季也。苦悩しながらも彼は「氷成る蛇」で、巡狂座を倒す。既に自分の死期が近いことを悟っていた巡狂座は忌の際に、これまで隠されていた自分と凍季也、姉・美冬を巡る真実を語る。
遂に森光蘭のもとへとたどり着いた、土門、風子、薫、陽炎。そして、柳が生きていることを確認するが、柳は人形のようで表情ひとつ変えず、まったく喋らない。光蘭に意識をコントロールされ、仲間たちのことさえわからないのだ…。光蘭、そして魔道具を造ったもうひとりの男・海魔との最後の戦いが始まる！
「天堂地獄」を攻撃し、姫の精神操作を解くために、語り続けた烈火たち。そして、火影全員の心の声が届き、遂に姫は覚醒。烈火たちのもとへ戻ってきたかに思えたが、そのまま烈火の胸の中で…！？熾烈を極めた火影忍軍と森光蘭の戦いも、いよいよクライマックス。烈火は裂神を呼び、最後の戦いに挑む。多くの仲間たちと共に歩み、果てしなく続いた長き戦いに、遂に終止符が打たれる！
