花火師である父親と2人暮らしの少年・花菱烈火は、「忍者」に強い憧れを抱く高校1年生。地元では負けナシと恐れられている同級生・石島土門をも一蹴してしまう烈火は、日頃から「ケンカでオレに勝ったらその人の『忍』になる」と公言しているものの、いまだに自らの君主を見つけられずにいたが…。400年の時を超えた因縁を巡る戦いが幕を開ける！炎を操る烈火が繰り広げる、長編忍術スペクタクル！！
師であり、もうひとりの父親とさえ言える巡狂座と戦わなければならなくなった凍季也。苦悩しながらも彼は「氷成る蛇」で、巡狂座を倒す。既に自分の死期が近いことを悟っていた巡狂座は忌の際に、これまで隠されていた自分と凍季也、姉・美冬を巡る真実を語る。
遂に森光蘭のもとへとたどり着いた、土門、風子、薫、陽炎。そして、柳が生きていることを確認するが、柳は人形のようで表情ひとつ変えず、まったく喋らない。光蘭に意識をコントロールされ、仲間たちのことさえわからないのだ…。光蘭、そして魔道具を造ったもうひとりの男・海魔との最後の戦いが始まる！
「天堂地獄」を攻撃し、姫の精神操作を解くために、語り続けた烈火たち。そして、火影全員の心の声が届き、遂に姫は覚醒。烈火たちのもとへ戻ってきたかに思えたが、そのまま烈火の胸の中で…！？熾烈を極めた火影忍軍と森光蘭の戦いも、いよいよクライマックス。烈火は裂神を呼び、最後の戦いに挑む。多くの仲間たちと共に歩み、果てしなく続いた長き戦いに、遂に終止符が打たれる！
