土方を中心として、内密に遂行された芹沢暗殺。その後土方は、士道に背けば切腹を命ずるなどの厳しい「局中法度書」を作り、新選組を強力な組織へと押し上げていく。だがその矢先、新選組を潰そうと企む何者かが、新選組の名をかたって大坂商人から押し借りを行う事件が相次ぎ…！？
江戸末期。理想の武士になるために、最強集団・新選組をプロデュースした男、土方歳三。彼を中心に新たな視点から語られる幕末青春伝。苛烈な男達の生き様を描く意欲作！！
薬の行商をしながら他流試合を続ける歳三が、ついに龍馬の待つ千葉道場へ！！そして荒木道場一門との決着！！“人を斬る”ことを知った歳三の行く末は…！？
壬生浪士組内での軋轢、そして京でテロ行為を続ける土佐勤王党。内外二つの敵が土方を襲う！！人を斬ることにしか“生”を見出せない男・岡田以蔵との死闘の行方は…！？
いよいよ壬生浪士組に、尊攘激派・長州藩から御門を守るべく初陣の命が下る！さらに政変後、朝廷から「新選組」の名を賜り、裏切り者・新見の一件も収めて、組の結束は次第に固まっていく。だが、会津藩から新選組に下された最初の使命は、皮肉にも筆頭局長・芹沢を殺害せよというものだった…。
新選組の名を世に知らしめた「池田屋事件」を描いた本巻。この国を想う気持ちは同じでも、たどるべき道が全く正反対の近藤と坂本。近藤に迷わず付き従う土方と、坂本を慕いながらも尊攘激派と行動を共にした望月。それぞれの士道が激しくぶつかり合う…！！
池田屋事件の後、新選組の名は一気に全国へと轟いた。だが、その功名を快く思わない別の市中警備隊「京都見廻組」が土方の眼前に立ちはだかる。そして長州尊攘激派の黒幕・桂小五郎の探索をめぐり、ふたつの組が激しく火花を散らす！！
元治元（1864）年6月、会奸討伐を唱える長州が挙兵。来島又兵衛、久坂玄端らを筆頭にした1600もの大軍が京を取り囲むように布陣した。世に言う「禁門の変」の始まりである。京都守護職・松平容保の命を受けた土方ら新選組も、長州を迎え撃つため出陣。戦いへと身を投じていく！！
近藤に取り入った新参の軍師・武田観柳斎の台頭により、隊内に不協和音が生じ始めた新選組。また、近藤自身も攘夷への情熱を失いかけ、遊郭に入りびたっていくようになる。ついには永倉、原田らが近藤の切腹を求めて会津藩主へ直訴に及ぶ中、ずっと沈黙を守ってきた土方は…？
江戸での新隊士募集で加入の決まった伊東甲子太郎が、新選組を未曾有の混乱へと導いていく。それに対し土方は…？士道を心に抱く男たちの生き様を描いた青春物語、感動の最終巻！！
