昭和19年・東京。アメリカ人の父と日本人の母を持つ少年・椎名陸は、目の色が青いため、人々から迫害されていた。戦局の悪化と共に、以前は親しかった仲間にまで疎まれるようになり、陸は空襲でやられた瓦礫の町をさまよう。そこで陸は、背中に謎の刺青が施されている中国人の少女と出会った。彼女の名は蔡麗芳（ツアイ・リーファン）。麗芳は陸に自分のことを「世界を滅ぼす女」だと告げる…。
救命ボートで漂っていた陸たちは、中国から日本へ向かう日本人学校の船に助けられた。だがそこにも後を追ってきた菊間が現れ、再び陸たちとの闘いが始まる…。船上での壮絶な闘いの後、陸と麗芳は仲間になった神道と共に中国へ。彼らの前に、蒼い龍の秘密を知る男・袁空（ユアンコン）が現れ、物語は新たな展開を見せる。
空は、陸、海と和解し仲間に。そして陸、麗芳、海、空の4人は、添島機関の榊と対決する。だが榊は超能力で偽物の陸、海、麗芳らを作り出し、それぞれの誤解から仲間割れが起きてしまう。対決の行方は、そして「蒼い龍」の正体とは…！？秘められた謎がついに明らかに！！
