陸のお父さんが遺跡に潜ったまま行方不明になってしまう。掘ると必ず遺跡崩壊や土砂崩れなどを招く「悪魔のスコップを持つ男」と呼ばれている陸のお父さんは、いったいどこに…！？
お父さんが有名な考古学者で、地面を掘るのが何より大好きな少年・堀川陸。いろんなものを掘り当てちゃう才能ゆえか、ついたあだ名が「神のスコップを持つ男」。でも、変な腕輪を掘り当ててからというもの、陸の毎日は奇妙なことばかり。実はこれ、腕輪の中に宿る古代少年・ポカポカの仕業だったのだ…！！バトルとギャルとギャグてんこ盛りの超古代大河ロマン！？
ポカポカは陸にある重大な秘密を告げる！実は、ポカポカはあの伝説の地下王国・シャンバラを探す使命を担っているというのだ。そして、さらにそのシャンバラ術を施された、究極の古代戦士だというのだが…！？
伝説の地下王国・シャンバラを探すことになった陸とポカポカは、その手がかりをつかもうと、悪者たちが集う世界征服選手権に出場する！そして、ついに悪の本拠地を発見したふたりは…！？
ポカポカはいったん死んでしまうが、小夜子の作戦で生還し、なんとか地上へ脱出する！しかし、その時悪の地底人類・ブラックドリル一族もいっしょに地上へ出てしまい…！？
