「エレオノールと自分以外の人間を皆殺しにすれば、エレオノールの心は自分のものになる！！」そう考えたフェイスレスの撒いた新型ゾナハ病により、人類の文明は滅んだ。悲しみにくれる勝と、なぜか生き残った仲町サーカスの面々に、次々と襲いかかる自動人形たち！！
平馬と組んで人形相撲大会で決勝に進んだ勝。しかしフェイスレスの使者と戦うために、平馬を一人残し急遽しろがねのもとへ。相手は「真夜中のサーカス団」が誇る楽士、トルネード・ラプソディー。勝と平馬、それぞれの戦いが始まった！！
運命の流転の末、ついに再会したナルミとしろがね。だが、ナルミは勝と過ごした記憶を失い、フランシーヌ人形の破壊だけを目指す修羅と成り果てていた。己への殺意を剥き出しにするナルミに、しろがねはどう接するのか！？一方、黒賀村で特訓を続ける勝は、ある「試練」に挑むこととなり……。
部下を次々と撃破され、業を煮やしたフェイスレスは最古の四人すら凌駕する最強の自動人形・シルベストリを黒賀村に送り込んだ！！必殺の抜刀術で勝に迫るシルベストリ！！そして、その胸に揺れる、干からびたスズランの花……。彼の抱える「業」とはいったい……！？
哲学する自動人形、シルベストリの抜刀術が勝とゴイエレメスと迫る！死闘の果て、シルベストリが到達した「真理」とは…！？そしてついに、全世界に終末の夜の帳が下り…。
勝の奮闘むなしく、しろがねはフェイスレスに拉致されてしまった。追跡を始めた勝の行く手に待つのは如何なる運命か！？そして場面は一転アメリカへ。人類に残された唯一の希望、ゾナハ病治療マシンを守るべく渡米した鳴海一行は、レイ疫病研究所で自動人形の大軍と戦うことになり……。
人類に残された唯一の希望、ゾナハ病治療装置「ハリー」を巡り、レイ疫病研究所で死闘を繰り広げる鳴海一行と自動人形。ミンシア、ジョージ、阿紫花らの前にも、それぞれ強敵が現れる。次々に傷つき、倒れていく仲間達。そして、鳴海の前にも「気」が通用しない強敵、ブロム・ブロム・ローが立ちふさがり……。
ゾナハ病治療装置「ハリー」を巡る攻防もいよいよ大詰め。最古の四人の一人、パンタローネを相手に、無謀にも1対1の戦いを挑んだ阿紫花の生死は！？重傷を負ったミンシアの運命は！？そして、強敵、ブロム・ブロム・ローに挑む、我らが鳴海の活躍は！？
魔窟、モン・サン・ミッシェルに乗り込んだマサルと、彼を追う平馬、リーゼ、リョーコの3名。行く手に立ちふさがる機械人間Oの群れ、そして、最強最後の自動人形「最後の四人」を倒し、捕らわれのエレオノールを助け出すことはできるのか！？
健闘むなしくフェイスレスの策略にはまり、ついに記憶をダウンロードされてしまったマサル。一方、しろがねを乗せたロケットの打ち上げ時刻も、刻一刻と迫っていた！！
