人類に残された唯一の希望、ゾナハ病治療装置「ハリー」を巡り、レイ疫病研究所で死闘を繰り広げる鳴海一行と自動人形。ミンシア、ジョージ、阿紫花らの前にも、それぞれ強敵が現れる。次々に傷つき、倒れていく仲間達。そして、鳴海の前にも「気」が通用しない強敵、ブロム・ブロム・ローが立ちふさがり……。
遺産相続絡みで命を狙われる少年・勝と人を笑わせないと死んでしまう病にかかった男・鳴海、そして勝を助けるためにからくり人形を操る女・しろがね…。三人の運命が交錯する時、“笑顔”の本当の意味が…！？欧風熱血機巧活劇、ここに開幕！！
遺産相続で命を狙われる才賀勝が誘拐された！中国拳法の使い手・加藤鳴海と、からくり人形使いのしろがねは、勝を助けるために、才賀のからくり屋敷に向かうが、そこには様々な罠と、異様なからくり人形の数々が待ち受けており…！？
誘拐された勝を助けようと奮闘する鳴海としろがね。しかし、才賀屋敷のからくりに行く手を阻まれ…！？一方、護られるだけだった勝は、ついに自らの意志で戦う決意を固める。時限爆弾の爆発が迫る中、三人の壮絶なる戦いの行方は…！？
消えた鳴海の影を背負いつつ、新たなる一歩を踏み出した勝としろがね。しかし、追っ手の手はゆるまず、とんでもない誘拐事件が…！？そこへ現れたのは、仲町サーカスと名乗る面々。勝のクラスメートをも巻き込み、ハイウェイは大パニック！！
心の友となった梶山たちと決別し、勝としろがねは、金目当ての輩を避けての旅暮らし。そんな中、同行する仲町サーカスの面々とともに出会った少女・リーゼロッテには、重い過去が…！？
旅に出た勝としろがねに、愉快な仲間が加わった。一人は猛獣使いの美しき少女・リーゼロッテ。そして、貧乏だけど心優しく、たくましい仲町サーカスの三人組。キラキラと輝くサーカスの奇跡と感動はページを開けばすぐそこに！
勝のアイデアで仲町サーカスは興行をすることに！でも、お金もない、テントもない、なんにもない仲町サーカス！どうなることやら…そして、サーカス編は一時閉幕。日本を離れ、なんとパリでからくり編がスタート！！死んだと思っていたアイツが帰ってきて、凄い冒険を始めるぞ！
鳴海が帰ってきた！自らの体を楯にして勝を守った鳴海は生きていたのだ。しかし鳴海は、勝やしろがねの記憶を失っていた…。舞台はパリ。鳴海の過去を知る唯一の人間・ギイは語る…敵は自動人形（オートマータ）だと。鳴海は過酷な運命に圧倒されるが…。
「しろがね」と「自動人形」の戦いの歴史を語るルシール。その内容のあまりの苛烈さに驚く鳴海…そして、すべての鍵を握る「柔らかい石」の秘密にたどりついた。しかし、「真夜中のサーカス」から恐るべき使者がやってきた。その者の名は自動人形・アルレッキーノ…最強の人形の一人だ！！
スイスとフランスの境に位置する小さな国・ローエンシュタイン大公国に、「柔らかい石」を探してやってきた鳴海たち。自動人形に襲われた公女エリを助けるが、その事件の裏には、恐るべき陰謀があった。そして自動人形アプ・チャーの不思議な欲望がさらなる惨劇を呼び、美しき姫と鳴海の舞踏会は炎に包まれていく…。
