「しろがね」と「自動人形」の戦いの歴史を語るルシール。その内容のあまりの苛烈さに驚く鳴海…そして、すべての鍵を握る「柔らかい石」の秘密にたどりついた。しかし、「真夜中のサーカス」から恐るべき使者がやってきた。その者の名は自動人形・アルレッキーノ…最強の人形の一人だ！！
「最古の四人」との激闘で、次々と倒れていくしろがねたち。彼らの希望はあの男の存在。散っていったしろがねたちの思いを背負い、怒りと哀しみの戦士・鳴海がついに復活！！そして鳴海が目指すのは……玉座に座りしフランシーヌ人形！！
「フランシーヌ人形はニセ者だった！」長きに渡る、しろがねたちの激闘は何だったのか？全てが潰えた砂漠の真ん中で、鳴海は咆える！──ところ変わって日本では、いよいよ勝が動き出す。過去の真実を得るために、自分の秘密を知るために。
「ぼくの脳に貞義（父さん）が転送されてた？」困惑する勝に、貞義に恨みを持つ黒賀村の人形使いが襲いかかる！貞義の残した3体の懸糸傀儡は、勝に力を与えるのか…！？そして勝が連れて行かれた黒賀村で待っていたのは、他界したはずの祖父・正二！勝を「貞義」だと決めつける正二は、過去の因縁がつまる「生命の水」を勝の口へ…。いよいよ謎が明かされる、記憶の旅が始まった！！
燃え盛る丸山遊郭の業火の中で、アンジェリーナは決意する。自分の秘密はばれたとて、正二郎の命は守ります。「私はあなたに、絶対に死んで欲しくないのだもの！」そして勝の記憶の旅は、いよいよ核心に迫り行く。あいつが、あの人形が、そしてあの男も！明治の世の中、全ては日本へやってくる。
90年前の黒賀の里で、運命の糸が紡がれる。母を恨みし少年・ギイに、赤子を宿せる「しろがね」アンジェリーナ。その夫・正二、自らの笑顔を求める人形・フランシーヌ…彼らの力を持ちまして、ひとつの命が生まれます。「エレオノール！」その命は、愛を生み、心を溶かし、人を変え……。ところがそんな平和にも、悪意の影が忍び寄り、母子は別れを余儀なくされる。小さな命を託されたそのものは「人形フランシーヌ」！
エレオノールは助かった。ギイと正二は、彼女の幸せのため、彼女の存在を隠そうとする。一人の「しろがね」として育て、正二は彼女に一度も会わずに──。しかし、50年ぶりの再会のとき、彼女は言った。「正二おじいさま」。誰かが正二のふりをして、彼女に会っていたのか？見えない影が忍び寄る。──そして、悪意の計画が顕になる。
「奴を滅ぼせ！」正二、ギイ、そして黒賀の者達が貞義（ディーン）を追い詰める。次の肉体として選んだ勝を残し、2月の高速道路にて、貞義は硫酸の海に消えた…。そして勝が記憶の旅から帰りし時、ギイの刃が迫り来る。勝に転送していた貞義を殺そうと。しかし！現実は！現在進行形の真の悪は！
貞義＝フェイスレスと配下のO（オー）の軍団が、200年の恨みを込めて、正二と黒賀に牙をむく！「逃げろ！勝！」…いや、ぼくが逃げてどうなる？すべてを知った少年は、全てを背負って振り向いた！！全ての悪意の黒幕を倒すために！
フェイスレスとの闘いに備えるため、しろがねに別れを告げる勝。しろがねの心には、ぽっかりと大きな穴が。そんな時、鳴海が突然帰ってくる。だが記憶を失っている鳴海は、しろがねを本物のフランシーヌ人形だと思い、襲いかかる！！
人形繰りの特訓をするために、黒賀村で生活することになった勝。居候先の阿紫花家の末っ子、平馬と組んで大みそかの奉納人形相撲に出場することに。平馬の姉・百合のために絶対優勝しなくては……！勝・平馬の快進撃は、どこまで続く！？
