信濃国立石領多岐家では当主が病に倒れ、当主に子がないため甥御を跡を継がせることになっていた。だが、実はお手つきになった女中の静が、秘かに嫡子を生んでいるということを筆頭家老の武部が明かす。その静は、かつてこの藩で剣術指南をしていた男と共に山里に在り…。
正月の寒い朝。まだ家族も眠っている中、少年・勘吉が厠に行くため戸を開けると、若い侍が立っていた。侍の名は瀬能宗一郎。このたび江戸の長屋にやってきた宗一郎は、勘吉に対し必要以上に丁寧な挨拶をすると、同じように長屋の住人たちにも挨拶回りをしていく。売り物の蛸をひたすら眺めたり、甘い団子を頬張ったりする宗一郎の行動に興味を持った勘吉は、彼のことをつけ回すが…。
正月二日。故郷とは比ぶべくもない賑やかな江戸の町を宗一郎が歩いていると、竹光に代えて売り払った刀の國房が、女の亡霊の姿で現れた。國房は「何故私を買い戻しませぬ…ずっとお前を待っておるのですよ」と語りかけるが、宗一郎は手習所で子供に読み書きを教えている現状に満足していると言い、「もはや拙者に刀は要らぬ」と答える…。
五月。一度は質に入れた刀の國房を、再び請けるべく刀剣屋に出向いた宗一郎。だが、剣に取り憑いた女の亡霊が再び現れたのを見て、結局は「今しばらく考えたい」と言って店を出る。一方そのころ、岡っぴきの恒吾郎と定吉は、人殺しの疑いのある「山のような大男」を追っていたのだが…。
十月末、江戸の町は季節外れの大雨に見舞われていた。勘吉ら子供たちを相手に、雷様の話を聞かせていた宗一郎であったが、川の橋も悲鳴を上げんばかりの豪雨に、決然外に飛び出して「子らが臆しておるだろうがっ！！」と空に向かって一喝する。するとたちまち空は晴れ渡り…？一方、雨の間いきり立ってうめき声を上げていた小伝馬町牢屋敷内の木久地は…。
宗一郎に、木久地が牢死したことを伝える御輿。だが宗一郎は、木久地は生きて江戸市中にいるはずだと考え、最近起きている武士を狙った辻斬りも奴の仕業に違いないと答える。一方、仲間の信濃武士を殺された森佐々太郎は、自らの手で木久地を斬ることを心に誓い…。
次席家老・大村崎十三のもとを訪れた、筆頭家老・武部兵部之介。そこで武部は、自らが世話していた殿のご落胤が住まう家を、大村崎たちによって襲撃された5年前の件。そして、生きながらえていた「宗一郎様」を再び彼らが亡き者にしようとしていることを聞き、それを思いとどまるよう談判する。対して大村崎は、たとえご落胤が事実としても、無学な者を主君には出来ぬと反論し…。
宿敵・木久地との対決。宗一郎、木久地、両者ともこの戦いだけは避けられない己が定めと考え、それぞれに最後の決戦に備えて準備に怠りない。そして迎える「十二日卯ノ刻烏野神社」両名の存在意義を描けた決闘が始まる。ともに剣に憑かれた二人の男。より深くより黒い動機を持つ者が勝つのか？その深い闇から解放された者が勝つのか？さらには、勝利の果てに何があるのか？
