その昔、風の如く地を走り、水に潜り、木々を飛び交う男たちがいた。その男たちの呼び名は忍者。そして今、バラ色の学園生活を夢見る新入生・久ノ伊千草（くのいちぐさ）の目前に、その忍者が出現した。彼の名は、忍火満太郎（しのびまんたろう）。えっ！？
必殺の忍法・真空かまい太刀を操り、ついに忍術忍法部の発足を許された頭（カシラ）・忍火満太郎。次なる目標は「全日本高校忍者選手権」への出場。でも部員の数が…そこでなぜか、くノ一の装束を身につけた久ノ伊千草の出番。んっ！？
な、なんと、留年（ダブリ）の満太郎は、ホンモノの忍者だった。育ての親から、己が公賀忍火流（こうがしのびりゅう）の血統を継ぐ者だと知らされた時、満太郎は進むべき道をきめた。そして今、４人の友と共に、死が待つ忍者選手権へ向かう。すごいだろ！！
心をもった刃（やいば）。それが忍者。その忍者の血を継ぐが故に、過酷な戦いの渦にまきこまれる忍火満太郎。そして己を捨てた時に得た、究極のパワー・炎（ほのお）。ここに20世紀最強の炎のニンジャマンが誕生した。さあ、拍手だ拍手！！
