困難の末、討幕軍を率いていた伊達政宗を追い詰めたあずみ。無念を残しつつも死を覚悟した政宗は、湯治場であずみと裸で向かい合い、その胸中を語りだす。一方、宮本武蔵は、政宗の居所を聞き出して救出に向かうが、時すでに遅く…！？
少女のあずみを含む10人の子供達が、人里離れた場所で秘かに刺客として育てられていた。そして、彼らは爺の言葉をすべて正しいこととして疑うことを知らない、精鋭の刺客として育った。ある日、爺からいよいよ外界に出る時になったと告げられる。しかし、その前にこれまでの修業の総仕上げとも言うべき凄まじい試練が待っていた！
加藤清正を首領として担ぎ上げ、戦を企てている片桐兵部の一党。そのもとに、加藤清正からの偽の手紙を届けて行動を起こさせた爺。彼らの目的地となっている京都・伏見に向かう途中にある山中で、あずみ達に襲わせて片桐兵部一党を全滅させる作戦を立てたのだ。その爺の読み通り山中の道を片桐兵部一党がやって来た。
敵方の加藤清正を襲ったあずみ達は、甲賀忍者に追われ、これと戦う。その時、あまぎは左腕にかすり傷を負う。その夜、あまぎは高熱と激しい痛みに襲われる。甲賀忍者の刀には、毒が塗られていたのだ。毒が全身に回るのを防ぐため、爺はあまぎの左腕を切り落とすが、もう手遅れだった。これで、あずみの仲間は、ひゅうがとうきはだけになってしまった……
天海がとった次の作戦は、秀頼の第一の側近である大野長治に、爺（小幡月斎）を剣豪で天才的な軍略家と信じ込ませて仕官させることだった。豊臣方に放ってある隠密のky9応力も得て、爺はなんなく仕官することに成功。あずみとも共々、一挙に敵方の中枢へ潜り込むのだが……
大坂城内の牢に捕えられているあずみを救いに行ったうきはだが、自分も囚われの身となってしまった。愛人の新三郎をうきはに殺された淀君は、その復讐のため、あずみとうきはの二人を戦わせることにする。
ひゅうがが、最上美女丸に殺された。あずみにとって、最後の仲間であるひゅうがの死はショックが大き、その骸を埋めた墓の側をしばらく離れることが出来なかった。あずみが深い悲しみに沈んでいたとき、ひゅうがを殺した女装の剣豪・美女丸は次なる目標、爺の元へ徐々に近付きつつあった。
“柳生新陰流”を名乗る剣士達に爺が襲われる。爺は危うく殺されそうになるが、すんでのところに駆け付けたあずみによって助けられる。“柳生新陰流”といえば、徳川家お抱えの流派。「今まで、自分達は徳川のために闘ってきたのに、なぜ？」…と、この爺への襲撃に対してあずみは徳川に抜きがたい不信感を抱く。一方の爺は、これには徳川家内の権力闘争が絡んでいると考える。そこで、その真相を確かめるべく、駿府城に向かう。そこには、爺が深い恩義を受けている僧侶で、家康のブレーンでもある天海がいるはずだからだ。駿府城に到着した爺は、あずみを残して単身で登城するのだが…
柳生宗矩一派の手から爺を救い出すことに成功したあずみ。なんとか危機を脱した二人は、武蔵国・川越にある喜多院を目指していた。この喜多院という寺は、徳川家康のブレーンである天海が住職を務めたこともある名刹。しかも、この寺のある川越からは爺の故郷も近く、柳生宗矩一派から命を狙われているあずみと爺が身を隠すには絶好の場所なのだ。その喜多院へと向かう道すがら、爺はあずみに「二人で静かに暮らしてゆこう…」と語る。あずみは、爺の言葉に違和感を感じつつも、これからの暮らしに期待を抱いていた。そんな爺とあずみが、ある橋を渡っているところに突然、柳生宗矩一派の追手が現われる。その瞬間、爺はあずみに「おまえはどこまでも生きて生き抜け！！」と言うや川に投げ込むのだった！！……
あずみを刺客として育てた爺が殺された。それも徳川方が放った剣客の手によって……今まで、徳川のために数々の危険を冒して多くの敵（豊臣方）を倒してきた自分達の命を、なぜ徳川方が狙うのか？実は、爺を亡きものにした刺客の背後には、徳川家内部の権力闘争が隠されていた。しかし、あずみはそんなことは知る由もない。爺や、今まで死んでいった仲間のことを考えると、あずみの気持ちは千千に乱れる。そんなあずみが身分を隠して世話になっていたのが小野忠明の道場。この徳川方の道場には、旧・豊臣方の家臣で秘かに家康暗殺の機会をうかがっていた井上勘兵衛も働いていた。偽名を使い、やけどで風貌も別人のようになっていた勘兵衛であったが、偶然、ここを訪れた本多正純によって、その正体を見破られてしまう。正純は、大坂夏の陣で火だるまになりながら家康の本陣に切り込んできた勘兵衛を忘れてはいなかったのだ。結局、この勘兵衛と共にあずみも小野道場を去ることになる。そして、傷付いてなお、家康を討とうとして決して諦めない勘兵衛。その凄まじい執念を目のあたりにしたあずみは、勘兵衛の代わりに家康を討つことを決意する。そのあずみを待ち受けていた運命は……
貢喬介、松井凛太郎を斬ったことで、悲しみ、苦しんでいたあずみの前に井上勘兵衛が現れる。勘兵衛は自分の主・加藤清正を殺した彼女に勝負を求める。斬りたくないと思いながらも、彼の意志の強さを感じたあずみは勝負の末、彼を斬る。その頃、柳生宗矩はあずみに対してさらなる刺客を送っていた。
