センター試験を受験しなかったことを伝えるため、古志木島へ電話をした星野彩佳。だが、父が行方不明であることを知り、急きょ島へと帰ることに。その船内で、急病人の搬送要請の無線が入ったため、彼女は医療関係者として患者を診ることになったが、その患者は思いのほか重篤な状態で…。
南海の離島・古志木島（こしきじま）。医療設備もままならないその島へ、東京の大学病院にいたという、何やらわけありの外科医・五島健助が船酔いに耐えながらやってきた。だが着任初日、診療所を訪れた患者はゼロ。看護婦の星野は「この島の人達は、本当に具合が悪かったら、本土の病院に船で6時間かけて行くんです。誰もこんなとこで診てもらいたくないですからね」と言う。なんだか気が抜けてしまった健介だが、その日の夜「タケヒロが大変だ」と、友達のクニオが血相を変えてやって来た。早速タケヒロの家に行った健介は、急性虫垂炎と診断。早急に手術をしないと、命が危ない。しかし島に来る医者を信用していないタケヒロの父親は、健介が手術することを拒否。船で本土の病院へ運ぶという。
古志木島に巽謙司という、雑誌「週間トポス」の記者がやってきた。巽には妹がいたが、3年前に交通事故で亡くなった。その時の担当医がコトーで、妹が死んだのは、彼が適切な治療をしなかったためだと巽は言う。コトーを許すことができない巽は、彼を医療界から追放しようとしているたのだった。コトーに反感を持つ漁労長・しげさんは、その話を聞き、早速彼を島から追い出そうとするが…。
古志木島の岬で難破船が発見された。海上保安庁に問い合わせたところ、日本国内で遭難した船の届出はないという。診療所にやってきた駐在は、怪しい人物を見かけたら通報するよう、みんなに告げた。その夜、診療所に3人の男が現れる。その中の1人は大ケガをしていた。ダイビングの際に水中銃で誤射した傷、とのことだったが、傷口を見たコトーは、それが拳銃によるものであることを見破る。応急手当をして、男を本土へ移送しようとしたところ、彼らは銃を取り出し、コトーと星野を拉致する。男たちは、密入国の手引きをする組織から金を奪って逃げてきた中国人だった。コトーはなんとかして星野を助け、この危機から逃れようとするが…！？
かつてコトーが在籍していた、東京の天津堂大学付属病院に、政治家の熊谷が入院してきた。彼は重度のガンで、普通なら既に手術も不可能な状態になっている。だが次期院長を狙う奥村は、手術を行うことに決めた。そして失敗した場合でも自分たちにリスクがないように、執刀はコトーに依頼する。一度は断ったコトーだが、奥村からの再三の要請に折れて東京へ。しかしそこには、患者のことよりも自分の出世と保身を考える奥村と、かつて自分が受けた屈辱を晴らそうと画策する後輩・三上の陰謀が待ち受けていた…
診療所に、古川という見慣れない老人がやって来た。彼は末期癌であることを自分でわかっていて、島に死ぬためにやってきたという。古川には、古志木島を死に場所に選んだ理由があった。それは、彼が41年前、この島の診療所の医者だったからだ。人生の出発点だった古志木島で、最後の時を過ごそうと、この島へやってきたのだった。コトーは彼の命をわずかでも延ばそうと、手術を試みるが…
タケヒロが島でツチノコを発見！？ だが、友人たちに信じてもらえず、コトーとクニオに付き合ってもらい、もう一度ツチノコを探しに行くことに…。けれども結局見つからず、クニオは先に帰ってしまう。タケヒロもコトーに促されて帰路につくが、その途中、二人は足を滑らせてガケ下に転落してしまった！！ 大きなケガを負い、動けなくなってしまったコトー。日は落ち、降りだした雨が強くなるなか二人は…！？
ミュージシャン・下江田永時（エイジ）の一行が、全国ツアーの打ち上げ旅行で、古志木島にやって来た。だが事務所が用意した別荘は、もう何年も使っていないボロボロの屋敷。落ち目でイライラしているエイジは、より一層わがままになり、スタッフやバンドのメンバーたちに当たり散らす。だがその日、皆の留守中にエイジが蜂に刺されてしまった。そして過度のショック症状により、呼吸ができなくなってしまう。コトーがのどを切開する手術を行い、エイジは一命を取り留める。だが手術後、ボーカリストの命である声が出なくなってしまった！ コトーは医療ミスだと責められるが…！？
コトーがシンポジウム出席のため古志木島を1週間離れる間、代理として織田という研修医がやって来た。彼は悪い人ではないが、なんだか軽薄なノリで、診察室で音楽を聴いたりサッカーボールを持ち込む始末。当然、星野の織田に対する第一印象は良くなかった。だが診療所に顔を出したクニオが突然鼻血を流すのを見て、織田はさっと血液検査を始める。おおげさだと思って見ていた星野だったが、その直後、なんとクニオが吐血をして…！！
コトーが島を去ってしまうのではと心配した村長と助役が、コトーと星野との結婚を画策。以前、村が用意したコトーの家を強引に建てかえて2人の新居とすべく、まずはその家に放置されていたコトーの荷物を診療所に運び込んできた。その荷物を片づけている最中、星野は女性と写っているコトーの写真を見つける。さらに「死んでみてよ」と一言だけ書かれた手紙も見つけてしまった。そしてこれがきっかけとなって星野はコトーの悲しい過去にふれることになる…
かつての同僚コトーに影響され、大学病院を辞めて離島の医者になった三上新一。彼の患者・藤原達夫は余命幾ばくもない老人だった。三上はその娘から、寝たきり状態の達夫が、長年手入れしてきた杉林に未練を残していることを聞き、型どおりの延命治療でしかない自分の医療に疑問を抱き始める。その矢先、達夫が姿を消したとの連絡が入る…
