メジャー昇格したギブソンジュニアのいない間に、逆襲を始めたバッツ。だが、3勝3敗で迎えた最終戦に、ジュニアが戻ってきた。しかも、球場には父の命を奪った、あのギブソンも姿を見せ…？
横浜に戻ってきた吾郎は、肩を壊して野球をやめていた。一方、野球部キャプテンの小森は、不良の元部員の脅しにあう毎日…。波乱の中学編突入！！
肩を故障し、サウスポー転向で復活にかける吾郎。一方、小森率いる三船東中野球部は強豪・西中と試合をするが、全員1年生だった。そのナメたやり方に怒った吾郎がついに…！！
左投げに転向し、小森率いる三船東中野球部に入部した吾郎の活躍で、廃部寸前だった野球部は危機を乗り越えた。そして、むかえた強豪・西中との練習試合で波乱が…！？
イバル・寿也打倒のため、新投法に挑む吾郎。そして、むかえた地区予選1回戦。しかし、マウンドに吾郎の姿はなかった！いったいどうしたのか…！？
地区予選2回戦。強豪・青武館打線を、完成した豪速球でおさえる吾郎。しかし、4回2死に横浜シニアにも所属する強力クリーンナップが立ちはだかった！
因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。0対0でむかえた4回表、意表をついたセーフティバントで出塁した寿也は、動揺する吾郎のミスを誘い、貴重な1点を先取した
因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。最終回に、三船東は2死からパスボールでついに同点に追いついた！打席には小森。寿也を打ち砕くことはできるのか！？
名門・海堂高校のスカウトの誘いをけった吾郎は、県大会で海堂付属中の眉村に完敗してしまう。ショックを受けた吾郎だが、寿也、小森と共にあえてセレクションで海堂を受けることに！！
名門・海堂高校野球部のセレクションで、吾郎と寿也は最終テストの5人制野球トーナメントに進む。だが、吾郎は登板できず、シニア出身の先発・寺門が弱点をつかれ、2点先制されてしまう！！
中学生活もあと残りわずか。海堂高校を受験した吾郎、寿也、清水。そして、小森たち三船東中メンバーの進路はいったいどうなるのか？それぞれの道を歩き始める中学編クライマックス！！
