信長たちと天回一味の戦いは、いよいよクライマックスを迎える。熾烈なこの戦いの結末は果して…!? そして舞台は、約30年後の本能寺へ。信長は天下統一まであと一歩と迫りながら、明智光秀の謀叛の前に絶体絶命のピンチとなる。その時、藤吉郎は…!? 壮大に展開するSF歴史アクションの完結集。
時は天文17年（1548年）、尾張の国（現在の愛知県）。少年・日吉は森の中で悪人たちに捕まり、亡父が残した金を奪われたうえ、殺されそうになっていた。そこに、鉄砲を持った若者と、小さな子供が通りがかり、悪人たちを一蹴。その若者は「尾張のバカ殿」こと、織田信長。子供は後の徳川家康である、竹千代だった。助けてもらった日吉は、信長に美濃の国（現在の岐阜県）・稲葉山城に付き合わされる。敵である斎藤道三の城に自ら忍び込もうというのだ。正気の沙汰ではない信長に、理由を聞く日吉。すると信長は「美濃の姫が美人かブスかを確かめるため」だと、信じられないことを言う!!
蜂須賀の屋敷に殴り込み「犬千代を殴った奴を出せ」と息巻く信長。しかし出てきたのは、面を付けた交渉人（ネゴシエイター）だった。道化に徹しながらも、蜂須賀一家は要求を飲めないという事を伝える交渉人。その正体は、事態を丸く収めようと決死の努力をする日吉だった。交渉人の意図を理解し、その正体も見破った信長は……？
三河領内にある、尾張、織田軍の最前線基地・安祥城（あんじょうじょう）。そこに、このところおとなしかった三河・今川連合軍が奇襲をかけてきた。それに対し、信長の庶兄（しょけい＝母親違いの兄）・信広は、迎撃態勢を取る。そして、のんびりした毎日を過ごしていた信長も、日吉に「明後日から三河で戦だ。おまえもついて来い！」と告げた。あまりに突然のことに、日吉はビビリまくる
信長の父・信秀が死去。事態は風雲急を告げる。尾張は信秀の戦での実力により、信秀を中心としたゆるい結束が守られていた。だがそのバランスが崩れた今、これまで仲間だった半分は信長の敵になる。無理解な家族や家臣、自分のことしか頭にない親戚…。権力への欲望が渦巻く状況を目の当たりにした信長は、ほとほと嫌気がさしてしまった。そんな信長のもとに、戦闘中に行方不明になった日吉が戻ってくる。詳しい事情を知らない信長は、日吉は逃亡したと見なし、自分のもとから去るよう告げた。だが日吉は「織田信長の天下が見たい」と懇願し、名前を変えたうえで、側にいることを許してもらう
信長は酒宴の席で、自らの手によって信友を殺すという作戦を立てていた。信光、小六、五衛門らの協力を得て、計画は見事に成功。だがその帰り、信友側の狙撃手に狙われ、あわやという場面に。その危機を救ったのが、偶然この騒動を知って駆けつけた藤吉郎だった。その後藤吉郎は草履取りから、城内に於ける燃料の管理・仕入れ一切を監督するマキ係に大抜擢され、今まで以上に張り切って仕事をしだす。一方、比叡山で天回に捕まっているヒナタは不思議な物を目にしていた。それはかつて「時読みの一族」と呼ばれた異邦人の集団が残していった、時空を超えた世界と交信できる巨大な装置。そしてその中から、もうひとつの世界の藤吉郎が現れた。現世の藤吉郎とは正反対の好戦的な性格を持つらしい彼は日野秀吉と名乗り、藤吉郎に会って立場を入れ換えようとする。
風林火山の旗のもと、最強の騎馬軍団を率いる甲斐の名将・武田信玄。その信玄が少人数の隠密行動で、国を離れた。行く先は、怪僧・天回と、ヒカゲが捕らわれている比叡山だ。同じ頃、斉藤道三から「武田の諜報員が大量に近江に動いている」という情報を得た信長も、比叡山に向かう。そしてクビになったと早とちりし、三日前に信長のもとを去った藤吉郎も、琵琶湖のほとりに来ていた
連合軍を組んだ信長と信玄は、藤吉郎らと共に、天回のいる寺に潜入。そこで天回は、自分は500 年前の世界から来た科学者だと正体を明かす。そして信長と信玄に、自分と手を組み日本のみならず地球全体を手に入れようと誘いかけるが…
