植物が動物の進化をあやつっていることをおしえられた北斗。そして、人間がゼルをつくり、ゼルと戦う。この不毛な戦いに疑問を抱いたリュオンは、力を失ってしまい…！？
その日、世界中の人間が同じ夢を見た。「R－ドリーム」と呼ばれたその戦いの夢は、人々の間で噂となり広まった。美大浪人生・西荻北斗は「R－ドリーム」の中で、不思議な少年・リュオンに出会う。リュオンは夢の世界で迷子になっており、現実の世界に戻れないという。悪夢の中で北斗は戦士となり、侵略者と戦わねばならない。夢の中の死が現実のものとなってしまう過酷な運命の中で北斗は…！？
北斗、リュオン、ミュロウは襲いかかる悪魔・ゼルと戦う。しかし、自分たちが戦っているゼルは、人間が生み出したと知ったリュオンは愕然とする。
「R－ドリーム」のことを世間が忘れつつあるなか、リュオンは北斗の中に入り、現実に戻ることができた。しかし、現実にはゼルがあふれていて…！？
北斗とケンカ別れしたリュオンは、ミュロウと入れ替わり、ミュロウの現実での姿であるルパートの意識に入る。そして、北斗、リュオン、ミュロウはカナダで再会するのだが…！？
再会した3人は「自然」からヒントを得て、植物意識界へ入っていく。しかし、なかなか意志の交流ができない。そこで植物は、ミュロウを犠牲にしてプランテルを誕生させる。
人間不信に陥り、力をなくしてしまったリュオンはフィーンに救われるが、フィーンは強制的に現実へ引き戻されてしまった。しかし、傷心のリュオンの目の前に突然滝が現れ、フィーンの姿が…！？
「ダークグリーン」の存在を信じない人々が「R－植物患者」を目覚めさせようとしていた。「R－ドリーム」の危機に直面した北斗たちは、この状況を打破すべく、マウントヘイザへと向かった。
「R－ドリーム」の危機回避の方法を知る、「老」たちが集結しているというマウントヘイザに辿り着いた北斗たち。そして、北斗とクレインは、「老」たちの手助けで無意識界へと向かうことになり…！？
無意識界にやってきた北斗とクレインは、計画を無事に終わらせる。あとは、現実がどう受け取るかにかかっている。結果を見届けることになった北斗は…！？
