雅斗に惹かれているが、自分の気持ちに気付いていない、なぎさ。夜遅くに家を飛び出した雅斗の後を追いかけてしまう。向かったところは、雅斗の兄・隼人の彼女だった由紀子の家だった。あの人は、誰？雅斗のことを何も知らないことに気付いたなぎさは、由紀子が雅斗に告白するところまで見てしまい、気持ちが揺れる。胸のつかえが取れないなぎさは、走りを止めることができず……。
新人戦の前夜、雅斗はなぎさに「オレが勝ったら話がある」と言っていた。しかし、そのレースで雅斗はまさかの予選落ちをしてしまう。そんな雅斗を励まそうと、なぎさは雅斗をお台場に連れてきた。一生懸命に雅斗を励まそうとするなぎさ。そして、レースに勝ったら話そうと思ってたこととは何なのかを聞き出そうとする。だが、雅斗は「自分で決めたことだから話せない」という…。
なぎさが、国体を辞退して出場した県主催のロードレース。絶不調でダウン寸前の彼女を、見るに見かねて雅斗は思わず沿道から飛び出してしまう。するとなぎさは、あっという間に調子を取り戻し、快調に走り始めた！！ロードレースで絶不調だったはずなのに、突然快調に走り始めたなぎさ。果たして、この大会を制するのは誰か？
春休みの選抜ジュニアの強化合宿も終了し、高校2年となった、なぎさと雅斗。なんとか才能のある新入生を陸上部に入部させようと新学期初日から新入部員の勧誘で大忙しの陸上が目を付けたのは仲田貴史という新入生。ところが、この新入生は才能もあるが、なかなかの問題児で、陸上部に入部する条件として、「100Mで自分に勝てる先輩がいたら」と言ってきた。そこで、部長の黛が仲田と勝負することに。
「長野国際陸上」に紺野なぎさも出場することになった。この大切な大会は明日からだというのに、この前の大会で優勝した雅斗にあげるケーキを徹夜で作るなど今ひとつ緊張感がない。おまけに出発間際になって、大切なスパイクシューズを学校の部室に忘れてきたことに気付き大騒ぎする始末。藤井先生の紹介でなぎさの家に泊まっていた岩手出身のアスリートの高城ミユウは、そんななぎさに驚くやら呆れるやら。
南関東大会の女子3000M決勝も中盤を迎え、トップ争いは、珠堂と景子、そしてなぎさの三人に絞られた。トップを走る珠堂は、走りのリズムを独特な音楽のリズムで変化させ、後ろの二人に揺さぶりをかけてくる。そんな珠堂の駆け引きについていくのがやっとの景子に対し、なぎさは逆にそのテンポの良い走りに「いい音楽だ…いい音楽だよ」と調子を上げてくるのだった。さあ、勝負の行方は！？
インターハイへの切符をかけた南関東大会で、雅斗は稲村浜高の宮里と激突し転倒するが、2位に入り、インターハイ出場を決める。しかし、宮里はコースアウトで失格。後日、雅斗は宮里の家にあやまりに行くが、逆に宮里に励まされる。心のモヤモヤが晴れた雅斗は、なぎさと約束していたホタル狩りに出かける。日帰りの予定だったが、雅斗がなぎさに渡した帰りの切符は翌日のものだった。
決勝進出を果たした雅斗は、決勝戦でトップを走る生駒をかわして1位に浮上。しかし、生駒はフェイントをかけて雅斗を抜こうとする。生駒の肘にわき腹をつかれ、肝臓を打たれた雅斗は、意識さえ消えかけた。同じ目に遭って予選落ちした尊敬する先輩のためにも、負けられない雅斗は気力を振り絞り、再び生駒に迫る！最終コーナーを抜けて残り50mまできたとき、生駒の靴の紐が切れ、そして雅斗は…。
日本選手権に出場したなぎさ。そこで、同じレースの出場者、鷹木と知り合う。その娘・みすずは、なぎさに敵意をむき出しにして、お母さんを抜かさないようにと訴える。母親の勝利を信じるみすずを見たなぎさは、自分の幼いころを思い出して、思いきり走ることができない。その後も抜かれ続け、順位を下げるなぎさに、あらんかぎりの声を上げて応援する雅斗だが…。ぼくたちの季節はいつまでも終わらない――
