ダ・ヴィンチの助けを借りて、伝説の宝剣のありかをつきとめたレオノーラは、宝剣を守るように包んでいる緑色の結晶を発見する。ダ・ヴィンチはこの毒にも薬にもなる謎の結晶から「奇跡の水」をつくる。
没落貴族の娘・レオノーラは、剣術が得意な銀髪の少女。レオノーラは町の権力者と結婚することになるが、この結婚にはイタリアの古い伝説にまつわる陰謀が隠されていた…。「エメラルドの獅子と名づけられた宝剣を手にしたものが、イタリアの王になる」。ルネッサンスの天才や野心家たちが、宝剣を求め奔走する傑作歴史ファンタジー！！
伝説の絵「花冠のマドンナ」の作者であるダ・ヴィンチは、イタリア支配を企むチェーザレの仲間だった。捕らわれたレオノーラを救うため、ナポリの王子・ファルコはチェーザレと決闘するが、毒を盛られて瀕死の状態に…。
チェーザレから結晶を取り戻そうとしたレオノーラは、捕らわれの身になり、チェーザレから求愛される。しかし、それを拒み、ファルコに助け出されたレオノーラだったが、仲間のオーロがチェーザレに捕まってしまう。
チェーザレを倒す決心をしたファルコが、チェーザレに不満を持つ傭兵隊長たちと反乱を計画。しかし、チェーザレを油断させる役目をかってでたレオノーラが、チェーザレに抱かれてしまい…。
長い別れの後、ようやく再会できたレオノーラとファルコ。しかし、チェーザレの求愛を拒んだレオノーラは、毒薬カンタレラを飲まされ瀕死状態になってしまう…。
ファルコに助けられたレオノーラは、ファルコから求婚される。しかし、ファルコのためにどうしてもナポリ王国を復活させたいレオノーラは、結婚を禁じられている法王になることを決意する。
