神竜が突然軍艦島に来ることになる。一方、五家宝連と大田原は流を救出するため、北海番長連合と共に大船団を組み、軍艦島に向かう。
「父親殺し」の罪状により、関東少年刑務所に収監されていた少年・流全次郎。手錠姿のまま通うことになった私立の名門・青雲学園は、絶大な権力を持つ神龍剛次により支配されていた……。少年刑務所の盟友・五家宝連の5人と共に、流の凄絶な戦いが始まった！！
神竜組四天王のひとりである大田原を倒した流は、全生徒に神竜組に対抗できる軍隊をつくろうと訴える。それに対する神竜組は、太極拳の達人・チョウを呼び、流を抹殺しようとした。
神竜はフットボールの試合に罠をかけ、流たちを校内から追い出した。体勢を立て直した流たちは学園に攻め込むが、神竜組の姿はなく、ひとりの怪しい少女が現れる。
流は神竜の卑劣な罠にかかり、とらわれの身となってしまう。流の仲間・五家宝連は少年刑務所OB連と共に、流を救出するため、神竜組を襲撃する。
流は第二青雲学園を設立し、神竜をおそれる生徒たちに活を入れようとする。怒り狂った神竜は、処分屋と呼ばれる男たちを学園に差し向ける。
神竜は悪の切り札・朽木を神竜組副官として迎え、流孤立化作戦を命ずる。朽木は流と五家宝連の仲を引き離すため、卑劣な手段を用いる。
流たちの団結がくずれることをおそれた伊庭は、五家宝連から身を引くことを決意し、ひとり立ち去る。絶望のどん底におちいった流が少年刑務所に帰ると、そこにはさらに卑劣な神竜の手が……。
神竜の野望のため、流は五家宝連と離され、ひとり北海道の軍艦島刑務所に送られる。そこは凶悪犯ばかりを収容する恐ろしい場所だった。
激しい戦闘のまっただなか、流と神竜は軍艦島最下階で再び対決する。しかし、その時捕らえられていた所長が現われ、ポパイを刺し殺してしまう。
