「父親殺し」の罪状により、関東少年刑務所に収監されていた少年・流全次郎。手錠姿のまま通うことになった私立の名門・青雲学園は、絶大な権力を持つ神龍剛次により支配されていた……。少年刑務所の盟友・五家宝連の5人と共に、流の凄絶な戦いが始まった！！
東京に舞い戻った神竜は、ついに全関東の高校制圧に乗り出す。一方、五家宝連と大田原は、神竜とその配下に宣戦を布告し、無差別攻撃を開始する
より巨大な権力と富を手に入れようとする神竜は、涼子と正式な婚約を行う。その披露宴に、今は盲目となってしまった流と伊庭が出現する。
目の前で次々と隊員を倒された影の軍隊隊長・李大広は、流に試武を申し込む。一撃必殺の技を持つ両者の対決。しかし、なぜか李は流に対し、技を教え込もうとする。
閉門の身となり、伊豆の山荘に閉じ込められていた神竜。しかし、再び社会の表舞台に立つため、脱出をはかろうと留守居役・伝場に飛びかかる。
流たちは、今は亡き師・南条の遺言に従って、南条の最後の同士・竹野をたずねる。瀕死の床にある竹野は、息子の了に流たちに協力するように命じるが……。
流の目は奇跡的に視力を回復する。そして、伊庭と大杉の帰国の知らせを受けた流たちは羽田に向かう。しかし、すでにそこには影の総理の配下の手がのびていた。
影の総理の正体をあばくため、流たちは神竜の隠れ家を急襲。しかし、壮絶な戦いのさなか、影の総理の特別公安機動隊の包囲網にかかってしまう。
動物使い・長浜の奇策で脱出に成功した流は、関東少年刑務所に戻り、その全勢力を結集させ最後の戦いを決意する。しかし、神竜もまた新たな組織を作り上げていて……。
男の夢と理想をかけた流と神竜の総力戦は、ついに最終段階に突入する。流は番長連合の堀田らの同士を関東少年刑務所に迎える。そして、務所内に手を加えて堅固な要塞をつくり、篭城策をとる。
怒りに燃える神竜は、流の母のニセモノを仕立て上げ、流たちの結束を乱そうとする。その策にのってしまった五家宝連の大杉は、ひとりで敵地に乗り込んでしまった。
