クニエの故郷・カラバオの領有権を主張するランゲルハウス伯爵の孫・サードが、日向家に乗り込んできた。一方、カラバオ近海に出現した“杭”の周辺では、異変が続発……。そこに眠るエネルギーに目をつけた米軍の干渉に“杭”が反発！！ 不可思議な現象を引き起こしたのだ！
「アキラのお嫁さんにきたでよ！！」ごく普通の小学生・日向陽（ひなたあきら）の家に突然やってきたのは、南の島の不思議な少女・クニエ。その日から、陽の日常は波乱の連続に……！！ 同じ頃、クニエの故郷の近くの海上には巨大な杭が出現！！ 周辺では怪現象が続発して……。
南太平洋の島国・カラバオ近海に出現した巨大な杭の調査に乗りだした米国の秘密組織！ 日向家に居候し始めた少女・クニエの調査に乗りだした謎の一団！ そして“杭”はついに信じられない異変を引き起こした！！
いよいよ待望の夏休みがやってきた！ 陽、まひる、柳葉、若生の4人は、七星先生といっしょにクニエのカラバオ帰郷におつきあい！ だが、すべてが順調にいくはずもなく、一行はいきなり遭難するはめに……。
青い空、広い空、絶滅種の動物に、決して足を踏み入れてはならない禁足地……。不思議の島・カラバオで陽たちは危機一髪の連続！ そして近海では、米軍が“杭”に対しての攻撃を決定！！ 世界の異変の原因は……？ 夢と冒険のSFファンタジー完結！！
