アルバストに誘われてパーティーに参加することになったフローナ。髪飾りをプレゼントされたり、一緒にダンスを踊ったり…。幸せな時間を過ごしていたフローナだったが、そこでたまたま初恋相手とその婚約者と居合わせてしまう。しかも2人は言い争いをしているようで…?時は流れて夏休み。アルバストは不作が続いている領地へと向かい、その原因を調査していた。するとそこには、なぜか隣国デバイオの兵の姿があった。不作に隠された真実とは――。
互いに想いを寄せていた幼なじみの突然の心変わりによって、初恋が苦い経験となってしまった子爵令嬢フローナは、いずれ家を継ぐために農作業の勉強をして、ひっそりと過ごしていた。それから5年後。王都の学院に入学したフローナは、花壇に咲いていた花を眺めて故郷に思いを馳せていた時、気さくな副生徒会長アルバストに気に入られて生徒会の園芸活動の一員に任命されることに。「君を『中等部お花いっぱいリーダー』に任命する!」「……はい?」少し強引で、だけど優しいアルバストとの日々が、フローナの、苦い経験で乾いた心に染み渡り、二度目の恋が芽吹きだす――。
不作だった領地を蘇らせるべく、花の種をもらうためにフローナの実家へと向かったフローナとアルバスト。しかし到着してみると、家の中には何者かに捕まっている両親の姿が。2人を助けるためにフローナが考えたのは、まさかの「ミーちゃん」作戦!?そして「お花いっぱいプロジェクト」も本格始動! プロジェクトの完成間近、フローナはある事件に巻き込まれてしまう。危険が迫るフローナを守るために、アルバストが下した決断とは――