サイボーグに生まれ変わったジョーは、その超人的な能力で数々の事件を解決する。細菌兵器の軍事利用を狙うアメリカの地下組織、国政の乗っ取りを企てるテロ集団。それらとの戦いに勝利したジョーはしかし、超人的な力を宿した自分がいつか仲間を傷つけるのではないかと恐怖を感じ始めていた。 そんな中、街で起こったとある事件からGEO POLICE壊滅を企むとある組織が浮かび上がる。その名は「アゲイン」。それはかつてジョーのサイボーグ化手術を行った組織の名前だった。 GEO POLICEを、仲間を守るため、ジョーの最後の戦いが始まる！
2011年、名実ともに世界の中心年となったTOKYO-CITY。あらゆる人種、産業、文化が入り混じるこの街は、それに伴い犯罪が激化していった。そこで政府は、凶悪犯罪を専門とする第二の警察機構「GEO POLICE」を設立した。 そこに新たに配属されたのは元ニューヨーク警察捜査官のジョー乃木。犯罪組織の凶弾に倒れた彼だったが、死してもなお犯罪を憎むその正義感を買われサイボーグとして生まれ変わっていたのだ。
